APP下载

1例复合杂合突变所致的凝血因子Ⅻ缺乏症家系分析*

2021-04-01邹安庆王明山金艳慧夏虹刘斯奇陈怡

临床检验杂志 2021年2期
关键词:证者缺乏症杂合

邹安庆,王明山,金艳慧,夏虹,刘斯奇,陈怡

(温州医科大学附属第一医院a.医学检验中心,b.血液科,浙江温州325000)

凝血因子Ⅻ(coagulation factor Ⅻ,FⅫ)是一种单链糖蛋白,由肝细胞产生,呈现为一种非活性丝氨酸蛋白酶前体分泌到血浆,相对分子质量(Mr)为80 000,由596个氨基酸残基组成[1]。FⅫ可激活内源凝血途径,并参与纤溶途径的激活。先天性FⅫ缺乏症是一种常染色体隐性遗传病,其病因常为位于染色体5q33-qter上的FⅫ基因突变[2]。其可分为3类:交叉反应物质阴性(CRM-)型(FⅫ:Ag不能被检测)、阳性(CRM+)型(FⅫ:Ag正常)和降低(CRMred)型(FⅫ:Ag降低)。然而,有些FⅫ缺乏症患者出血表现轻微,有些患者可发生静、动脉血栓[3-5]。FⅫ基因的46T/T型在肺血栓患者中比例更高,而凝血因子Ⅻ活性更低[6]。本研究报告1例FⅫ缺乏症患者,分析先证者与其家系的表型与基因型,同时利用生物信息学软件分析突变的可能危害,初步探讨其分子发病机制。

1 对象和方法

1.1对象 先证者,男性,54岁,温州人,吸烟35年,2020年3月26日因“胸闷咳嗽1月余”到温州医科大学附属第一医院就诊,拟“肺占位损伤”收治入院。入院后完善相关检查,CT示“右肺中央型肺癌伴中下叶阻塞性不张”,气管镜检查见右总支气管、气管下端新生物,病理提示鳞癌及鳞状上皮重度不典型增生伴癌变。常规凝血功能检查发现活化部分凝血活酶时间(activated partial thromboplastin time,APTT)179.2 s,查凝血因子发现FⅫ活性(coagulant factor Ⅻ activity,FⅫ:C)为1%,FⅫ抗原(coagulant factor Ⅻ antigen,FⅫ:Ag)含量为1%。先证者肝肾功能检查结果正常,平时无明显自发出血或血栓形成症状,诊断为FⅫ缺乏症。先证者及其家系(共3代6人)参与本研究,包括先证者及其父亲、妻子、长子、女儿和次子。家系成员均无自发出血倾向,也无血栓形成史,否认近亲婚配。家系遗传图谱见图1。

图1 遗传性FⅫ缺乏症家系图

100名体检健康者作为正常对照,男53名、女47名,平均年龄32岁(年龄范围16~60岁),均无肝肾疾病,无血栓或出血史。

所有研究对象均签署知情同意书。本研究得到温州医科大学附属第一医院伦理委员会的批准(批准文号:2012-17)。

1.2标本采集与处理 采集先证者及家系成员外周静脉血2.7 mL于含0.109 mol/L枸橼酸钠的真空采血管中,3 000 r/min离心10 min,上层血浆用于凝血指标检测,下层血细胞用于提取基因组DNA和PCR扩增。

1.3主要仪器与试剂 STA-Max全自动血凝仪(法国Stago公司),ABI 2720 PCR扩增仪(美国Applied Biosystems公司),ABI PRISM 3700测序仪(美国Applied Biosystems公司);PT、APTT和FⅫ:C等凝血试剂(法国Stago公司);FⅫ:Ag检测试剂盒(上海西唐生物科技公司);DNA提取试剂盒(北京天根生化科技公司)。

1.4方法

1.4.1血凝功能检测 凝血功能试验,包括APTT、PT和FⅫ:C,均采用一期凝固法测定。采用ELISA法测定FⅫ:Ag。

1.4.2DNA抽提和PCR扩增 按试剂说明书抽提先证者及家系成员外周血基因组DNA。根据NCBI中的FⅫ基因序列(GenBank登录号:AF538691),应用Primer 5软件共设计7对引物以覆盖FⅫ基因的14个外显子区域及其侧翼序列,引物序列见表1。由上海桑尼生物科技公司合成。

PCR扩增:反应体积共25 μL,包括Taq PCR Master mix 12.5 μL,ddH2O 7.5 μL,DNA模板3 μL,正向引物1 μL,反向引物1 μL。反应条件:95 ℃预变性5 min,95 ℃变性30 s,根据不同引物分别以相应退火温度(54~60 ℃)退火30 s,72 ℃延伸45 s(共35个循环),72 ℃延伸10 min。PCR产物采用Goldview标记,在15 g/L琼脂糖凝胶上进行电泳,经电泳检测合格的PCR产物送上海桑尼生物科技公司测序。测序结果用Chromas软件与美国NCBI基因库所公布的FⅫ基因序列(GenBank登录号:AF538691.1)进行比对,寻找基因突变位点,发现错义突变位点则通过反向测序予以证实。先扩增先证者FⅫ各外显子及侧翼序列和5′、3′端非翻译区,发现突变位点后再扩增其他家系成员相应外显子片段。

表1 FⅫ基因PCR扩增引物序列

1.4.3突变位点氨基酸保守性及危害性分析 用ClustalX-2.1-win软件将突变氨基酸(Cys247和Gly542)与其7种同源物种(小家鼠,褐家鼠,黑猩猩,猕猴,家犬,牛和热带爪蟾)的氨基酸序列进行比对,分析突变氨基酸的保守性。同源物种氨基酸序列来源:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene。

通过4个在线生物信息学软件:PolyPhen-2(http:∥genetics.bwh.harvard.edu.pph2),PROVEAN(http:∥provean.jcvi.org/seq_submit.php),SIFT(http:∥sift.jcvi.org),MutationTaster(http:∥www.mutationtaster.org)(蛋白质参考ID:P00748和蛋白质参考转录本ID:ENST0000025 3496),用评分结果预测突变对蛋白质功能的影响。

2 结果

2.1凝血指标检测结果 家系成员表型检测显示先证者父亲、长子、女儿和次子的FⅫ:C和FⅫ:Ag减少,FⅫ:C分别为43%、45%、53%和51%;FⅫ:Ag分别为48%、43%、54%和57%。APTT、PT和Fib测定结果显示,父亲、长子和女儿的APTT较对照组延长。其他指标未见异常。家系成员的表型和基因型见表2。

2.2FⅫ基因分析结果 先证者FⅫ基因DNA测序发现,先证者第1外显子启动子区46C/T位点多态性为46T/T型、第9外显子存在c.797G>A杂合错义突变(导致p.Cys247Tyr)、第14外显子存在c.1681G>A杂合错义突变(导致p.Gly542Ser)。先证者父亲和长子存在c.797G>A突变杂合子,女儿和次子存在c.1681G>A突变杂合子,妻子为野生型。见表2和图2。

表2 FⅫ缺乏症家系表型及基因型检测结果

注:A,第1外显子启动子区46T/T型;B,第9外显子c.797G>A杂合突变型;C,第9外显子c.797G>A野生型;D,第14外显子c.1681G>A杂合突变型;E,第14外显子c.1681G>A野生型。

2.3突变氨基酸保守性及危害性分析结果 人类FⅫ基因突变位点氨基酸与NCBI数据库提供的其他7个同源性物种基因氨基酸进行多重比对,结果显示Cys247和Gly542这2个氨基酸在这7个物种间高度保守,见图3和图4。

图3 Cys247保守性分析结果

图4 Gly542保守性分析结果

4个生物信息学软件分析结果表明,c.797G>A错义突变的预测结果为“有害”和“致病性”;c.1681G>A错义突变的预测结果为“可能有害的”、“有害”、“影响蛋白质功能”和“致病性”。见表3。

表3 生物信息学软件对c.797G>A和c.1681G>A错义突变的预测结果

3 讨论

FⅫ由596个氨基酸(AA)组成,可分为数个结构/功能区[7],自氨基末端起分别是Ⅱ型纤维连接蛋白区(AA1-88)、表皮生长因子区(AA94-131)、Ⅰ型纤维连接蛋白区(AA133-173)、表皮生长因子区(AA174-210)、Kringle区(AA215-295)、富脯氨酸区(AA296-349)和催化区(AA354-596)。其中催化区是发挥酶解功能的关键,包含激活区和丝氨酸蛋白酶区,活性部分由组氨酸(393)、天冬氨酸(442)和丝氨酸(544)残基组成。

本家系研究发现,先证者的FⅫ基因上存在3个遗传变异,包括第1外显子46T/T位点多态性和2个错义突变(第9外显子存在c.797G>A杂合错义突变导致p.Cys247Tyr和第14外显子存在c.1681G>A杂合错义突变导致p.Gly542Ser)。查询相关文献,Kanaji等[8]于1998年首次报道了第1外显子启动子区46C/T位点多态性。c.1681G>A杂合突变也已有报道[9]。而c.797G>A杂合突变为尚未见报道过的新突变。根据家系研究结果,先证者FⅫ:C和FⅫ:Ag显著减少并接近0,表明突变属于CRM-型。先证者父亲、长子、女儿和次子的突变属于CRMred型,因为FⅫ:Ag分别下降为48%、43%、54%和57%。

c.797G>A和c.1681G>A这2个突变位点分别位于FⅫ的Kringle区和催化区。相关文献报道,c.1681G>A(p.Gly542Ser)位点位在活性位点Ser544附近,突变后改变了氨基酸的极性,影响催化位点的细微空间构象并最终影响FⅫ活性。体外瞬时表达亦显示c.1681G>A突变导致FⅫ变异蛋白合成减少,并伴有分泌障碍[10-11]。

c.797G>A是一个新发现的突变,导致p.Cys247Tyr。FⅫ蛋白的Kringle结构域包含215~295个氨基酸残基,在增强激肽释放酶裂解敏感性方面起到一定作用[12]。在Kringle结构域中已经报道过这几个突变:p.W222G、p.G240E和p.R248G[12-13]。p.G240E和p.R248G的体外表达实验研究表明,这2种突变在高尔基体前室发生了广泛的细胞内降解,导致分泌不足。p.Cys247Tyr与p.G240E/p.R248G相邻,推测p.Cys247Tyr对FⅫ的致病机制与p.G240E/p.R248G相似。为了进一步证明p.Cys247Tyr的致病性,本研究分析了其保守性和可能对蛋白质的影响。在同源物种分析中,Cys247是一个高度保守的位点,被认为是FⅫ的重要功能位点。在线生物信息学软件预测结果为“有害突变”和“致病”,可对蛋白质功能造成一定影响,并引起相关疾病。由于FⅫ的Kringle结构域没有X射线三维结构图,因此无法分析突变蛋白的空间结构。当Cys247被Tyr247取代后,Cys247-Cys271位点间的二硫键消失,此外,p.Cys247Tyr在侧链中引入了一个大的酪氨酸芳环,这可能会形成其他分子间作用力,如氢键和空间位阻等。这些都可能影响蛋白质的正常结构,形成不稳定的蛋白质,更容易被降解,从而引起了FⅫ水平降低。

除c.797G>A和c.1681G>A突变外,本研究中先证者第1外显子启动子区存在46C/T多态性。C>T取代后,在起始密码子上游的4个碱基处形成新的起始密码子,导致起始密码子下游第7个碱基处形成终止密码子,翻译提前终止。先证者妻子的FⅫ:C约为先证者的3倍,这与文献报道的结论相一致[14]。

到目前为止,人类基因突变数据库(HGMD)中已经登记了58个FⅫ突变,Kringle域的突变很少。本文首次报道的c.797G>A丰富了数据库。我们发现先证者APTT的显著延长(179.2s)以及FⅫ活性的显著减低(FⅫ:C为1%)可能是由46T/T、c.797G>A和c.1681G>A复合杂合突变共同引起,导致FⅫ缺乏的发生。

猜你喜欢

证者缺乏症杂合
贵州省183 891例新生儿葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏症筛查结果的分析
新生儿异常Hb Q的家系分析*
家族聚集性原发性胆汁性肝硬化患者临床特征分析
如何防范家禽钙磷缺乏症
甘蓝型油菜隐性上位互作核不育系统不育系材料选育中常见的育性分离及基因型判断
音乐快感缺乏症
6 个遗传性凝血因子Ⅹ缺陷症家系的表型与基因型诊断
文化趋同下的翻译视角
浅析英语文学汉译中杂合现象的成因
两对基因自由组合变形归类例析