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肺炎克雷伯菌分离株毒力基因分布与临床特征的相关性研究

2021-07-28沈旭晨蔡培泉糜祖煌王春新

关键词:克雷伯毒力病死率

沈旭晨,蔡培泉*,糜祖煌,王春新,赵 琪

1南京医科大学附属无锡人民医院呼吸与危重症医学科,江苏 无锡 214023;2无锡市克隆遗传技术研究所,江苏 无锡 214026;3南京医科大学附属无锡人民医院医学检验科,江苏 无锡 214023

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)通常存在于上呼吸道及肠道,是常见的条件致病菌。在近年的医院细菌耐药监测中,KP 检出率居第2 位[1-2]。高毒力型肺炎克雷伯菌(hypervirulentKlebsiella pneumoniae,hvKP)合并多重耐药在国内已有多次报道[3-5],甚至新生儿也常有感染耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的报道[6]。KP对各种年龄段人群造成威胁,使临床治疗面临艰巨挑战。尽管目前国内外有大量hvKP 的研究报道[7-9],但是缺乏肺炎克雷伯菌肺炎患者KP 分离株的毒力基因分布与临床特征相关性研究。本研究选定了与KP 主要毒力因子菌毛、荚膜、铁载体密切相关的fimH、mrkD、wabG、uge、ureA、entB、clbA、ybtA 这8 种毒力基因进行检测,并分析其与患者临床特征的相关性,现报道如下。

1 对象和方法

1.1 对象

选取2019 年8—9 月南京医科大学附属无锡人民医院住院患者各种临床标本中分离出KP 菌株的50 例肺部感染患者作为研究对象。本研究经医院伦理委员会批准,所有患者均知情同意。

1.2 方法

1.2.1 细菌鉴定与药敏分析

细菌鉴定与药敏分析采用法国生物梅里埃公司VITEK-2全自动细菌鉴定及药敏分析仪。

1.2.2 靶基因检测

细菌DNA 提取采用非离子去污剂Triton X-100裂解加蛋白酶K 消化法。菌株先作纯培养,然后挑取单个菌落置入已预混好的Triton X-100 与蛋白酶K 溶液中,55 ℃温浴120 min,再95 ℃温浴10 min。-20 ℃保存待检。

PCR 检测毒力基因。每种毒力基因检测PCR扩增的反应系统均为:耐热DNA聚合酶(TaKaRa 公司,日本)1 U(0.2 μL),耐热DNA聚合酶匹配的10×缓冲液2 μL;P1 引物2 μL(1.0 μmol/L),P2 引物2 μL(1.0 μmol/L),dNTPs 2 μL(各种浓度均2 mmol/L),超纯水7 μL,菌株DNA 提取液4.8 μL,合计总反应体积20 μL,引物序列见表1。PCR检测扩增热循环为:95 ℃预变性3 min,然后95 ℃变性0.5 min,55 ℃复性0.5 min,72 ℃延伸1.0 min,30 个循环,最后一轮延伸72 ℃延长至5 min。经2%琼脂糖凝胶电泳20 min,紫外线仪下凝胶上出现与阳性对照分子量相同的条带即判别为阳性。

表1 8种靶毒力基因PCR扩增引物序列

1.2.3 临床特征分析

回顾性分析菌株来源患者的临床资料,包括性别、年龄、科室分布、住院时间、菌株来源、基础疾病、临床症状、侵入性操作、肺炎严重指数(PSI)评分、预后情况、耐药情况,并根据毒力基因检测结果进行分组比较。

2 结果

2.1 患者临床资料

KP菌株来自50例肺部感染患者,其中男36例,女14例。年龄分布在1~4岁及33~103岁,平均年龄(63.72±19.49)岁,60岁以上的老年患者占72%。标本来源为痰液48 份,血液1 份,肺泡灌洗液1 份。29 例社区获得性感染,21例医院获得性感染。总住院时间分布在5~185 d,平均为(31.86±37.27)d。患有乳腺癌、肺癌、食管癌等肿瘤疾病7 例,糖尿病9 例。34例进行气管内插管,19例进行深静脉置管,18 例留置尿管,23 例留置胃管。根据药敏结果,40%分离株为多重耐药菌株。抗菌药物耐药率分别为碳青霉烯类14%,青霉素类+酶抑制剂12%~40%,三代头孢10%~38%,四代头孢24%,氨基糖苷类8%~18%,喹诺酮类36%,超广谱β内酰胺酶阳性率30%。患者所在科室中,呼吸科、ICU患者共占50%,各外科及其余内科占比均在10%以下(图1)。

图1 50例肺炎克雷伯菌肺炎患者的临床科室分布

26 例因感染相关症状(如咳嗽咳痰发热等)入院,19 例因其他主诉入院。病程中,37 例(74%)出现咳嗽、咳痰,29 例(58%)出现发热,27 例(54%)出现胸闷、气短。

2.2 靶基因检测阳性率及电泳图

本研究分离自肺炎患者的50 株KP 菌株对fimH、mrkD、wabG、uge、ureA、entB、ybtA、clbA这8种毒力基因进行检测,其中wabG、uge、clbA 基因未检出,fimH、mrkD、ureA、entB、ybtA 均有检出(表2)。同时检测出2 种及以上毒力基因的菌株占100%,3种及以上占98%,4种及以上92%,5种及以上56%。

表2 50株肺炎克雷伯菌8种靶基因检测的阳性率

2.3 毒力基因分布与临床特征比较

如表3 所示,根据毒力基因检测阳性的结果进行分组比较,共计6 组,在各组内分别计算各比例。fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 组合例数达28 例,明显多于其余各组。比较发现,携带fimH基因分组的患者更常出现咳嗽咳痰、胸闷气短的症状。fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA组合的患者临床表现(咳嗽咳痰、胸闷气短)明显,但病死率并不高,仅14.29%。携带mrkD+ureA+entB 及fimH+mrkD+ureA+entB 组合的患者病死率高,同时多重耐药菌比例也较高。

50 例患者总体病死率为20%。将患者根据毒力基因阳性的数目分为4组,分析显示,随着毒力基因种类数目的增加,检测出3种、4种、5 种毒力基因阳性患者的病死率分别为33.33%、27.78%、14.29%,呈现下降趋势(表4)。

表4 毒力基因种类与临床特征 [n(%)]

3 讨论

KP 作为条件致病菌,易导致危重症和免疫缺陷患者的肺部感染、泌尿道感染、血流感染、肝脓肿等[7],hvKP甚至引起眼内炎、脑膜炎,导致患者的高致死率、高致残率。近年来KP感染率显著提高[10]。本研究中fimH、mrkD、ureA、entB、ybtA 基因均有不同程度的检出,clbA、wabG、uge基因未检出。

将患者根据检测毒力基因阳性的情况进行分组,性别、年龄、科室分布、住院时间、菌株来源等基础情况未见明显差异,但患者以中老年人为主要群体。34%菌株来自进行气管内插管的患者,符合既往研究机械通气是KP 感染的高危因素的结论[11-13]。26%菌株来自ICU,24%来自呼吸科,与相关文献报道ICU、呼吸科易检出KP[14]的结果一致。fimH、mrkD、entB、ureA 均高表达,阳性率>85%,提示这些基因可能是KP 引起感染所必备的。咳嗽、咳痰为最主要表现(74%),其次为发热(58%)、胸闷气短(54%)。

所检测的基因组合中,fimH+mrkD+ureA+entB、fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 组合患者出现咳嗽咳痰、胸闷气短症状的比例高于mrkD+ureA+entB、mrkD+ureA+entB+ybtA 组合,且住院天数更长。fimH 基因编码的FimH 是Ⅰ型菌毛尖端的黏附素,能与宿主细胞表面含甘露醇的糖蛋白特异性结合,使细菌黏附在气道上皮,通过TLR4/NF-κB 途径诱导巨噬细胞分泌白细胞介素(IL)-1β、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)和IL-6,产生炎症刺激[15-16],使患者受刺激后产生咳嗽,气道分泌更多痰液,具有fimH 基因的菌株更易使患者出现咳嗽咳痰。

fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 组合为本次研究最常见的组合,咳嗽、咳痰症状比例较高,病死率较低,PSI 评分均值为Ⅲ级。随着毒力基因种类的增多,其表达的各种毒力因子也增多,使得患者临床症状增多并且明显。但毒力基因的种类增加,并未引起病死率的增加,毒力基因之间可能会相互影响,毒力基因种类增多引起各基因表达下降,导致其相应的毒力因子表达下降,病死率下降。既往研究发现免疫抑制状态的患者更易感染经典型肺炎克雷伯菌(cKP),免疫功能正常的患者更易感染hvKP[11]。随着毒力基因种类增多,各组检出例数增加,患有肿瘤及糖尿病的比例却降低了;毒力基因种类较少的菌株更易感染肿瘤及糖尿病患者,病死率更高。毒力基因种类的数目、相互作用及其与hvKP的产生之间的关系仍待进一步探讨。

具有较少种类毒力基因的组合患者常出现发热,本研究中检出率在95%以上的mrkD、ureA、entB基因在这一过程中也许具有较重要作用,特别是entB 基因。铁离子对细菌和宿主都是至关重要的,当宿主处于炎症反应中时,患者吸收铁能力减弱,因此通过铁调素减少细胞内的铁离子外流,使得患者体内的铁稳态出现异常,引起贫血并且免疫力减弱[16]。entB 作为铁载体肠杆菌素相关基因,能够帮助菌株竞争性结合血清中的游离铁,增强菌株毒性。同时,铁代谢与炎症反应的关系较为复杂,但近年来的研究发现,调节全身铁稳态重要因子的铁调素对于炎症的反应极为剧烈,而强烈的炎症反应常引起发热。

mrkD+ureA+entB、mrkD+ureA+entB+ybtA 组合患者PSI 评分均值都达到Ⅳ级,入住ICU 比例最高。mrkD+ureA+entB 组合在各组合中病死率最高(50%),以发热为共有特征,有侵入性操作史。mrkD+ureA+entB+ybtA 组合出现咳嗽咳痰、胸闷气短、发热等症状的比例较低,病死率为0%。mrkD+ureA+entB 组合均为医院获得性感染,mrkD+ureA+entB+ybtA 组合增加了ybtA 基因,以社区获得性感染为主。相似的是,fimH+mrkD+ureA+entB 组合与fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA 组合相比,后者毒力基因多了ybtA,社区感染比例更高。由此可知,ybt 基因可能与社区获得性肺炎相关。

以往认为细菌会为了获得耐药基因而丢弃一些毒力基因[17],以获得更好的适应性,但是本次研究中检测出带有3 种、4 种、5 种毒力基因的菌株其多重耐药比例分别为33.33%、33.33%、42.86%,随着毒力基因数目的增加,多重耐药比例也呈上升趋势。这提示所选取菌株中很可能存在高毒力高耐药的“超级细菌”。死亡患者感染菌株检出的毒力基因组合分别为mrkD+ureA+entB、fimH+mrkD+ureA+entB、fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA,临床需对带有这些毒力基因组合的菌株提高警惕。

综上所述,KP 容易引起老年群体的肺部感染,特别是合并肿瘤或糖尿病的群体,当这些易患人群感染带有毒力基因并多重耐药的菌株,抗感染治疗变得困难,可导致呼吸衰竭、全身多脏器衰竭等严重并发症,即使采取呼吸机辅助呼吸,但患者的基础肺功能差,最后有可能脱机困难,总体预后欠佳。在本研究中患者总体病死率达20%,1 例罹患肺间质纤维化而行右肺移植术后患者,所感染的KP分离株检出基因为fimH+mrkD+ureA+entB+ybtA,且药敏结果为多重耐药菌,予以气管内插管,反复调整抗感染治疗方案,最终在住院111 d 后好转出院。因此,携带多种毒力基因的多重耐药KP 引起的感染对患者和医院都提出了很大挑战,建议临床科室尤其是ICU、呼吸科注重病原学检测及耐药机制的研究,密切关注患者病原菌感染情况,并加强院感监控。对于重症肺炎患者,感染、凝血及免疫功能相关指标均与病情和预后密切相关,需及早进行监测,帮助改善患者预后[18]。本研究在国内首次就肺炎克雷伯菌肺炎患者分离株进行了fimH、mrkD、wabG、uge、ureA、entB、ybtA、clbA 等8 种毒力基因检测,且对其分布及临床特征的相关性进行分析,为国内同行提供了基础数据作为参考。由于本研究的样本量较小,此次研究中wabG、uge、clbA基因均未检出,且mrkD+ureA、fimH+mrkD+ureA 组合毒力基因检测阳性的人数偏少,关于毒力基因与临床症状的进一步对应关系仍需要进行更多的研究。

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