邓浩辉 李水凤 楼燕 余卫华 胡肖兵

广州市第八人民医院门诊部 510060

新型冠状病毒D614G 变异是刺突糖蛋白（S 蛋白）最常见的变异之一。根据文献报道，发生该变异的毒株可显著增强病毒感染能力和传播能力，并增加患者的致死率。目前包含该变异的新型冠状病毒毒株时间变化和空间分布特征国内尚未见相关报道，现报道如下。

1 对象与方法

1.1 研究对象 本研究纳入截止至2020 年7 月21 日在国内外新型冠状病毒公共数据库发表的序列，其中包括美国国家生物信息中心（NCBI）GenBank数据库11 583条，全球共享禽流感数据倡议组织（GISIAD）EpiCoV数据库69 226条，国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）75条，国家基因组科学数据中心（Genome Warehouse）37 条，国家微生物科学数据中心（NMDC）数据库289条。

1.2 去除各数据库重复的核酸序列 本研究纳入5个新型冠状病毒核酸数据库的序列数据进行分析，因部分数据库存在提交序列重复的情况，故根据各序列的信息使用脚本代码对各序列数据库进行去重，去重后共纳入69 510条新型冠状病毒核酸序列进行下游分析。

1.3 序列比对与序列数据过滤 对去重后的序列使用Minimap 2 v2.17软件与新型冠状病毒参考序列（NC_045512）编码S蛋白的基因片段进行序列比对，剔除不包含S 基因的序列。比对后的序列进一步过滤，过滤的标准如下：⑴保留从人类身上获取的病毒序列，剔除宿主为灵长类动物和细胞系等来源的核酸序列；⑵剔除采样时间信息欠清晰的序列；⑶剔除比对上新型冠状病毒参考序列S 基因型，但无包含D614G 读码框的短序列；……