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不同发育时期亚麻茎秆中木质素积累相关miRNA及其靶基因的挖掘分析

2020-01-21谢冬微孙健

南方农业学报 2020年10期
关键词:挖掘

谢冬微 孙健

謝冬微(1982-),博士,主要从事亚麻种质资源优异基因挖掘研究工作,在作物种质资源创新和新品种选育方面积累了丰富的经验,理论基础夯实,科研业绩优异,被评为中国农业科学院麻类研究所科技创新工程“骨干专家”、中国农业科学院2018年度“优秀博士后”。先后主持国家自然科学基金青年项目1项,中国博士后自然科学基金面上项目1项,黑龙江省自然科学基金面上项目1项,以及其他地厅级科研项目5项。以第一作者在《Theoretical and Applied Genetics》《Frontiers in Plant Science》《Plant Science》《BMC Genomics》《Molecular Breeding》等SCI或EI收录期刊发表科技论文10篇,在《南方农业学报》《麦类作物学报》《大豆科学》《中国麻业科学》等国内核心期刊发表中文科技论文7篇。

摘要:【目的】深入挖掘分析亚麻茎秆不同发育时期木质素积累相关的miRNA及其靶基因,为解析亚麻纤维层木质素动态积累提供理论依据。【方法】以双亚4号(低木质素)和NEW(高木质素)花后20、30和40 d的茎秆为试验材料,基于miRNA测序和降解组测序结果分析miRNA转录水平动态变化及其靶基因注释功能,并采用实时荧光定量PCR检测2个亚麻品种间表达差异最显著的miRNA及其靶基因的表达模式。【结果】构建双亚4号和NEW花后20、30和40 d茎秆的miRNA文库,从中鉴定出305个miRNA,包括143个保守的miRNA和162个新鉴定的miRNA,且这些miRNA的靶基因不同转录本并非均受miRNA调控。将鉴定的305个miRNA与亚麻基因组序列信息进行靶基因预测,结果鉴定出286个miRNA的4807个靶基因,另外19个miRNA未预测到靶基因。通过对降解组测序数据进行整合分析,共获得21个miRNA的97个靶基因,共检测到97个降解位点,仅占鉴定出亚麻茎秆中miRNA靶基因总数(4807个)的2%,仍有大量的靶基因未被鉴定。……

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