刘 再，燕亚平，崔金娜，胡建华，李永丽，朱明达，刘占英,

（1.内蒙古自治区发酵产业节能减排工程技术研究中心，生物发酵绿色制造内蒙古自治区工程研究中心，内蒙古工业大学化工学院，内蒙古呼和浩特 010051）

微生物生态学是基于微生物群体的科学，利用微生物群体DNA/RNA 等标志物，重点研究微生物群落构建、组成演变、多样性及其与环境的关系，在生态学理论的指导和反复模型拟合下由统计分析得出具有普遍意义的结论。随着研究的深入，传统的技术在非可培养微生物研究方面存在一定局限性，分子生物学研究技术被借鉴到微生物生态学研究中，在物种遗传多样性、分子适应性、变异分子机制及其进化意义等基础理论方面取得了突破。

目前环境微生物生态学主要研究环境中存在哪些微生物和分析微生物在环境中的作用两个方面，此外，微生物之间以及微生物与环境因子之间的相互作用受到越来越多的关注。近十几年来，微生物多样性以及群落结构的研究一直沿用传统分离、培养、鉴定并描述特征的方法，然而，研究证实自然界中有85%～99.9%的微生物至今还不可纯培养。随着环境微生物DNA 提取方法的不断改进，以核酸为依据对微生物进行分类方面的研究获得了较大发展，涌现出许多微生物分子生态学研究方法，如变性梯度凝胶电泳、末端限制性长度多态性、荧光原位杂交技术、实时荧光定量PCR 技术、扩增子测序技术、宏基因组学、宏转录组学、功能基因组学、基因芯片等，常用微生物分子生态学研究方法的优缺点见表1。……