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二代测序技术诊断肺炎克雷伯菌肝脓肿侵袭综合征1例并文献复习

2022-02-14邹明丽韦孟杨进孙

沈阳医学院学报 2022年1期
关键词:克雷伯脓肿抗菌

邹明丽,韦孟,杨进孙

(皖南医学院弋矶山医院感染科,安徽 芜湖241001)

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae)为革兰阴性杆菌,通常分布在人体肠道、呼吸道和胆道内[1]。当机体存在肝胆道系统疾病或者免疫力下降时,肺炎克雷伯菌作为重要的条件致病菌经血液循环或胆道进入肝脏后可以引起肝脓肿及肝外器官组织的侵袭性感染。当合并肺脓肿、眼内炎、中枢神经系统感染、坏死性筋膜炎等时称为肺炎克雷伯菌肝脓肿侵袭综合征(invasiveKlebsiella pneumoniaeliver abscess syndrome,IKPLAS)[2]。二代测序技术(next-generation sequencing,NGS)不依赖于传统的微生物培养,通过对获取的病原体微生物的基因片段进行高通量测序,从而获得标本中病原体的遗传信息,能够快速、客观、准确地检测临床样本中的较多病原体微生物(包括细菌、真菌、病毒、寄生虫等)[3-4]。本研究回顾性分析我科收治的1例通过NGS技术确诊的2型糖尿病合并IKPLAS患者的临床资料,结合相关文献,总结该疾病的临床特征,提高医务人员对该疾病的认识;了解NGS在该疾病诊断中的应用价值,达到早发现、早诊断、早治疗的目的,降低该疾病导致的并发症及后遗症的发生率。

1 病例资料

患者男,39岁,因“发热7 d”于2020年7月25日入院。患者7 d前出现发热,体温为39℃,伴乏力、纳差,有恶心,无呕吐,偶有咳嗽咳痰,无畏寒寒战,无明显腹痛腹胀。自行服用复方乙酰水杨酸片及莫西沙星治疗,用药期间发热症状反复,最高达40℃,遂就诊于我院。患者2型糖尿病病史1年余,未经正规降糖治疗。入院查体:体温39.4℃,脉搏106次/min,呼吸28次/min,血压106/63 mmHg。体格检查:肝区叩痛,余无明显呼吸、消化系统症状。实验室检查:白细胞计数16.0×109/L,中性粒细胞绝对值13.13×109/L,中性粒细胞百分比94.3%;空腹血糖17.2 mmol/L;糖化血红蛋白:13.1%;C-反应蛋白(CRP)359.5 mmol/L,降钙素原(PCT)12.3 ng/ml;白蛋白34.8 g/L,球蛋白28.3 g/L,总胆红素15.64μmol/L,直接胆红素4.42μmol/L,尿素3.57 mmol/L,肌酐70μmol/L,丙氨酸氨基转移酶43.2 U/L,天冬氨酸氨基转移酶42.1 U/L。入院第2天行支气管镜检查,同时送检支气管肺泡灌洗液行NGS,第3天回报:种:肺炎克雷伯菌,序列数:192,相对丰度:72.73%;属:克雷伯菌属,序列数:252。一般细菌培养及鉴定(支气管肺泡灌洗液),结果第7天回报:肺炎克雷伯菌,头孢菌素类、青霉素类、氨基糖苷类及碳青霉烯类药物敏感。入院后第2天呼吸道病毒九项检测(血液)结果未见明显异常;入院后第3天、第17天、第31天的结核杆菌(痰)检测结果未找见抗酸杆菌;入院后第4天一般细菌培养(痰、血液)结果示正常菌群;真菌涂片(痰)检查结果未见真菌孢子及菌丝。该患者入院时胸部CT示两肺纹理增多、紊乱,可见多发大小不等肿块状、结节状影,密度尚均匀、部分可见晕征或空泡征;腹部CT检查示肝右后叶见片状稍低密度影,密度不均,边界不清,其内可见更低密度区,见图1。入院后经验性用药给予阿米卡星(山东方明药业集团股份有限公司,批号:19120682)0.6 g日1次及哌拉西林他唑巴坦钠(瑞阳制药有限公司,批号19110701)4.5 g日3次静脉滴注抗感染。治疗3 d后,患者仍有发热、炎症指标较前未下降,同时因患者NGS(支气管肺泡灌洗液)结果回报示肺炎克雷伯菌,遂停用上述抗感染药物,给予亚胺培南西司他汀钠(杭州默沙东制药有限公司,批号:T0144014)1 g日3次联合阿米卡星0.6 g日1次静脉滴注抗感染治疗。7月28日超声心动图示左室舒张功能减退,余未见明显异常;8月3日头颈部MRI示脑实质未见明显异常信号灶;8月4号患者体温下降,复查炎症指标较前下降,遂调整抗菌药物为哌拉西林他唑巴坦钠联合左氧氟沙星(扬子江药业集团江苏紫龙药业有限公司,批号:19120561)抗感染治疗。患者8月17日一般细菌培养及鉴定未培养出肺炎克雷伯菌;8月24日调整抗菌药物为左氧氟沙星抗感染治疗,8月26日复查胸部CT示两肺感染性病变,伴空洞形成,与前片比较病灶有所吸;腹部CT示肝右后叶见片状稍低密度影,肝脓肿较入院有所吸收,见图2。共抗感染治疗38 d,带药出院继续口服抗感染药物巩固治疗。

图1 1例发热患者入院时胸部CT(A)和腹部CT(B)影像

图2 1例发热患者入院治疗32 d后复查的胸部CT(A)和腹部CT(B)影像

2 文献复习及结果

以“二代测序技术”和“肺炎克雷伯菌”和“肝脓肿”和“侵袭综合征”为中文关键词在知网、万方、维普数据库进行检索,以“next-generation sequencing”和“Klebsiella pneumoniae”和“liver abscess”和“invasive syndrome”为英文关键词在PubMed数据库检索相关文献,检索时间截至2021年12月。纳入标准:(1)因寒战、高热、乏力、纳差或者肝区叩痛等临床症状入院;(2)腹部B超、CT或MRI等检查提示肝脓肿,血培养或者脓液培养提示肺炎克雷伯菌感染;(3)存在侵袭性感染证据:血培养为肺炎克雷伯菌阳性和(或)存在迁徙性脓肿影像学或病原学证据;(4)临床资料完善,住院期间有细菌学检查结果;(5)使用NGS鉴定出肺炎克雷伯菌感染。排除标准:(1)排除其它疾病导致的继发性肝脓肿;(2)排除重复发表文献。

文献检索共获得相关文献179篇,有具体临床资料的文献157篇(中文42篇、英文115篇),获得病例数193例(中文78例、英文115例)。经过筛选193例患者中3例是经NGS检出肺炎克雷伯菌诊断为IKPLAS,加上本例共4例。纳入研究的4例患者相关信息见表1。

表1 4例IKPLAS患者相关临床信息

3 讨论

1986年由肺炎克雷伯菌引起的原发性肝脓肿在中国台湾首次被报道,此后陆续在南美、北美、欧洲、澳大利亚等多个地区被报道,但仍主要集中在亚太地区。肺炎克雷伯菌共分为78个血清型,不同荚膜血清型之间毒力有差异,目前K1和K2是公认的毒力最强且最常见的荚膜血清型[8]。IKPLAS发病率为3.5%~20.0%,死亡率为4%~11%[9]。据报道,糖尿病患者中IKPLAS的患病率高达78%,合并糖尿病的IKPLAS患者通常预后较差[10]。本文4例患者中3例存在未控制的糖尿病病史,1例入院时发现空腹血糖较高、存在糖耐量异常。

IKPLAS常见的临床表现包括发热、寒战、恶心、呕吐等[9]。本文4例患者均以高热起病(39~40℃),且无明显感染相关流行病学病史。4例患者实验室检查结果中3例白细胞及中性粒细胞百分比升高,4例患者CRP均明显升高,除了病例3外,其余3例患者PCT升高。B超或者CT检查是肝脓肿的首选诊断方法,本文4例IKPLAS患者的CT表现中肝脓肿均为单发,位于肝右叶较多见,与柴彦军等[11]的研究结果相符。IKPLAS的远处转移表现包括肺脓肿、脓毒性肺栓塞、脑膜炎、脑脓肿、坏死性筋膜炎、骨髓炎、化脓性关节炎、脾脓肿、肾和肾周脓肿、腰肌脓肿、前列腺脓肿及感染性心内膜炎等[10]。本文4例患者中伴脑脓肿2例,伴眼内炎2例,伴肺脓肿2例。4例患者病原学检查均使用了NGS技术,分别通过脓肿液、脑脊液、眼内容物检出肺炎克雷伯菌,本例通过支气管肺泡灌洗液检出肺炎克雷伯菌。

目前对于该疾病治疗推荐早期经皮引流或开放性(腹腔镜)手术引流脓肿并及时给予适当的抗菌药物治疗是关键[12]。对于孤立性脓肿,治疗方案的持续时间为2~4周;对于多发性脓肿,治疗方案的持续时间至少为6周[13]。因肺炎克雷伯菌易产生耐药,且IKPLAS患者多发生肝外侵袭性感染,病情较重,建议初期的抗感染治疗药物以可覆盖超广谱β内酰胺酶(ESBL)阳性细菌的抗菌药物为主,待药敏试验结果明确后降阶梯应用。对于本文4例患者入院时均给予静脉用联合抗菌药物治疗,4例患者中2例进行肝脓肿引流治疗。例1患者因病情较重,预后较差,自动出院后死亡;3例患者经治疗一段时间后复查炎症指标、肝功能恢复正常,脓肿大小较前吸收,治愈出院。本病进展较快、致死率及致残率较高,一旦确诊应尽快经验性使用抗菌药物,同时尽早完善病原学检查,待结果回报后根据药敏结果调整抗菌药物的使用。对于单纯使用抗菌药物治疗的患者,当治疗效果不理想时可以结合脓肿引流,特别是对于直径>5 cm的脓肿,但是目前对于穿刺引流的方式是经皮穿刺还是置管引流尚无明确的定论,对于经皮穿刺引流失败、合并腹部手术或脓肿破裂的患者需进一步进行手术治疗[14]。

高毒力型肺炎克雷伯菌引起的肝脓肿具有发病急、进展快、死亡率高等特点。因此,及时评估疾病、快速准确地确定致病菌,寻找有无别处转移性感染尤为重要。本文中4例患者3例经过NGS快速检验出致病菌后给予精准治疗好转出院,1例患者因感染较重自动出院。NGS的优点是一个高通量的方法,因为它允许大量的并行测序,包括同时测序多个样本的多个目标基因组区域,以检测在同一运行中伴随的突变,实现了对核酸碱基对的精确测定[15]。NGS可以在更短的时间框架内,以更少的劳动密集型方式快速获得全面的信息,可以更高效地为一些诊断不明确的急危重感染患者的早期诊断提供服务[3-4]。因此,NGS在鉴别未知微生物、预测微生物耐药性和评估毒力基因等方面具有显著优势[16]。NGS对病原菌鉴定具有较高的敏感性,且受抗菌药物暴露的影响较小,是一种很有前途的传染病检测技术[17]。肺炎克雷伯菌是目前由于生物核心基因组的改变而出现的高抗菌药物耐药性的少数细菌之一,因此早期抗菌药物的正确选择对该疾病的预后尤为重要。NGS不仅可以应用于该疾病的诊断,也可以应用于疾病诊断后耐药性的分析。

综上所述,当血糖控制不佳的糖尿病患者合并不明原因的长期发热时需高度怀疑本疾病,入院后积极完善相关影像学检查,明确有无肝脓肿,同时早期完善NGS检查,为明确病原体缩短分析时间,从而可在较短时间内有针对性地寻找有无转移性感染等肝外侵袭表现;并在可及范围内分析耐药及毒力基因,有助于及时调整用药方案,抑制细菌耐药性,实现抗菌药物的合理使用。

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