土地类芽胞杆菌(Paenibacillus terrae)NK3-4 EsxA结构与系统发育分析

2021-12-31于文清闫凤超刘文志郑桂萍肖俊杰

生物信息学 2021年4期

关键词：结构

于文清，闫凤超，刘文志,*，郑桂萍，肖俊杰

(1.上饶师范学院生命科学院，江西上饶334001；2.黑龙江省农垦科学院,哈尔滨 150036； 3.黑龙江八一农垦大学，黑龙江大庆 163319)

EsxAs(早期分泌抗原靶6，Early secreting antigenic target-6，ESAT6)是一类小分子分泌蛋白，一般含有100左右个氨基酸，具有保守的WXG氨基酸基序[1]，因此被称为WXG超级家族成员。该蛋白呈螺旋状结构，与EsxB(CFP-10)共同组成VII型分泌系统(T7SS)，EsxA最先在动物病原菌结核分支杆菌(Mycobacteriumtuberculosis)中发现[2]，与其致病力密切相关[3-5]，后陆续在其它动物病原菌中也发现了该类蛋白[6]。EsxA除了与动物致病菌的致病性相关外[7-8]，还能够诱导动物的免疫原活性[9-11]，也有研究发现，在单核球增多性李斯特菌中(Listeriamonocytogenes)，EsxA与宿主病原菌的致病性无关[12]。在非致病细菌中也存在EsxA编码基因，如在天蓝色链霉菌中，EsxA与EsxB形成同源二聚体，与宿主菌成孢相关[13]。

前期研究发现，植物根际促生菌土地类芽胞杆菌(Paenibacillusterrae)NK3-4基因组中携带着EsxA编码基因，但EsxA在类芽胞杆菌中发挥何种功能尚无相关报道，是否与类芽胞杆菌对植物的促生效应相关也尚未可知。本文采用生物信息学技术分析了该EsxA的基本性质、蛋白的3D结构及系统发育关系，以期为包括NK3-4菌株在内的类芽胞杆菌EsxA基因外源分泌表达、活性保持条件及功能的深入研究提供理论依据。

1 材料与方法

1.1 NK3-4菌株EsxA基本性质分析

将NK3-4基因组中注释为毒力因子(Virulence factor EsxA)的氨基酸序列提交ExPASy Proparam tool(https://web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam)分析其基本性质，将氨基酸序列提交NCBI中的BLSTp进行序列相似性比对，并检索保守域。