利用TCGA数据库构建肾透明细胞癌相关miRNA预后模型
2021-12-31王昕苑苏依琳苏龙龙张建辉牛晓辰
高 艾,王昕苑,苏依琳,苏龙龙,张建辉,牛晓辰
(山西医科大学,太原 030000)
肾细胞癌(简称肾癌)是一类常见的恶性肿瘤,起源于肾小管上皮,约占成人肿瘤发病率的2%~3%[1],主要病理类型有肾透明细胞癌、肾乳头状癌、肾嫌色细胞癌以及集合管癌等[2]。其中,肾透明细胞癌(Kidney renal clear cell carcinoma,KIRC)占肾癌的80%~90%,是最主要的病理类型[3]。随着肿瘤检测手段与治疗方法的进步,肾透明细胞癌患者的存活率得到显著提高,但总体生存期以及无进展生存期仍然较低,超过1/3的病人在诊断时已经发生转移,因此迫切需要新的早期诊断标志物以及治疗靶点来改善患者的生存预后情况[4]。微小RNA(microRNA,miRNA)是一类广泛存在于动植物体内的短链非编码RNA,仅有21~23个核苷酸序列,通过抑制翻译或促进细胞质中mRNA降解来调控转录后的基因表达[5]。大量研究证实miRNA在癌症的发生、发展、转移和患者生存中发挥重要作用,作为一种可能的非侵入性生物标志物,其预后价值在多种肿瘤中被广泛研究[6-8]。但相关研究报道在肾透明细胞癌中较少,仅有的几个研究也只是从miRNA的角度进行预后评估[9-10],未能联系下游mRNA,进而绘制miRNA-mRNA调控网络,以miRNA-mRNA关系对的形式深入挖掘其在肾透明细胞癌中的作用,为相关诊断与治疗提供参考,而这恰恰成为本研究的主要目的。
1 材料与方法
1.1 数据获取与整理
于2020年7月12日检索癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA,https://portal.gdc.cancer.gov/)并下载KIRC的mRNA与miRNA测序信息和相应临床数据,其中包括539例KIRC患者的肿瘤组织测序信息和72例正常组织测序信息。利用perl语言(perl 5.30.2,http://www.perl.org/)分别将mRNA与miRNA测序数据合并为矩阵文件;……
