李占成 石 铁 周卫忠

胶质瘤是最常见的恶性原发性中枢神经系统肿瘤，预后较差[1]，其中胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme，GBM）预后最差，中位总生存期在15～23个月，5年生存率低于6%[2]。

研究表明，细胞自噬在神经退行性疾病、衰老和肿瘤发病过程中具有重要作用[3]。近年来，有学者试图通过调控细胞自噬寻找胶质瘤新的潜在治疗靶点[4]。研究发现，长链非编码RNA（long non-coding RNA，lncRNA）具有广泛的生物学功能[5]，例如调控细胞自噬相关蛋白的表达[6]。本文利用生物信息学方法分析胶质瘤细胞自噬相关lncRNA的表达网络，为胶质瘤的诊治提供参考。

1 资料和方法

1.1 胶质瘤数据集的获取 基因组图谱（CGGA，http://www.cgga.org.cn/）微阵列被用作训练集，以建立胶质瘤的自噬相关lncRNA 特征，共纳入325例胶质瘤病人CGGA mRNA 以及相关的临床数据。从癌症基因组图谱（TCGA，https://cancergenome.nih.gov/）网站下载病人的临床信息，用于验证风险评分。TCGA数据集纳入160例GBM病人的验证数据集。

1.2 lncRNA 和自噬基因的筛选 从CGGA mRNAseq数据集获得lncRNA 和自噬基因的谱。自噬基因列表来自人类自噬数据库（HADb，http://autophagy.lu/clustering/index.html）。所有mRNA 表达数据通过log2 转换进行标准化。应用Pearson 相关性计算lncRNA 与自噬相关基因的相关性。相关系数|R2|＞0.3的lncRNA被认为是自噬相关lncRNA。

1.3 胶质瘤病人预后影响因素分析 采用单变量和多变量Cox 回归分析评估自噬相关lncRNA 与胶质瘤病人预后的关系。将单变量分析P＜0.01 的lncRNA纳入多变量Cox回归分析，根据结果以确定风险评分=基因1×基因1的表达量+基因2×基因2的表达量+...+基因N×基因N 的表达量。将胶质瘤病人根据中位风险评分分为高风险组和低风险组。

2 结果

2.1 自噬相关lncRNA 共表达网络的构建CGGA 数据集共鉴定878 个lncRNA，HADb 数据库共筛选出215个自噬相关基因。……