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COL5A2对胃癌的价值-基于荟萃分析和生物信息学分析*

2021-11-23胡尚尚

包头医学院学报 2021年6期
关键词:胃癌数据库分析

胡尚尚,高 宇

(1.蚌埠医学院检验学院免疫学专业,安徽蚌埠 233000;2.蚌埠医学院生命科学院)

胃癌(gastric carcinoma,GC)占所有癌症死亡的8.2 %,是全球第三大癌症死亡原因[1]。目前,GC的治疗方法包括手术,化学疗法,放射疗法和免疫疗法,所有这些均可单独或组合使用[2]。胃癌患者5年总生存率大概为30.0 %~35.0 %[3]。因此,发展改进检测方法来诊断早期CG是至关重要的。COL5A2基因,即V型胶原α2链基因,编码一种低丰度纤维胶原的α链。该基因突变与埃勒斯-丹洛斯综合征Ⅰ型和Ⅱ型有关。在癌症研究中,少数报告指出了其在多种癌症的病理过程中的作用,包括结直肠癌和卵巢癌[4-5],先前的两项研究确定COL5A2是前列腺癌的潜在生物标志物[6-7]。近年来,大量的研究已经确定了许多与胃癌有关的基因[8-10]。这些基因有些可作为胃癌的治疗靶点和诊断标志物,但有些基因的对诊治胃癌的潜力仍未知。关于COL5A2与肿瘤之间的联系的证据有限,而且COL5A2在胃癌中的作用研究很少,差异表达的COL5A2在GC中的重要性及其在GC患者中的预后价值需要进一步研究。本研究在细胞水平和癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库和基因表达汇编(gene expression omnibus,GEO)数据库分析COL5A2在胃癌中的表达及其诊断和预后价值,通过基因富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)结合TCGA数据揭示了COL5A2可能的分子功能。

1 对象与方法

1.1细胞培养和反转录定量聚合酶链反应(RT-PCR) 5种细胞系,包括HGC-27、SGC-7901、BGC-823和MGC-803 GC细胞系和正常人胃上皮-1细胞(GES)细胞系(所有细胞系购自武汉普诺赛生命科技有限公司)。培养基由100 U/mL青霉素、10.0 %胎牛血清和DMEM培养基组成,将细胞浓度调节至40.0 %~60.0 %后,细胞在37 ℃和5.0 % CO2下培养。……

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