孙文文 张凌云

原发性肝癌是最常见的恶性消化道肿瘤之一，其中最主要的组织学类型的是肝细胞癌。肝脏是人体最重要的消化器官之一，是包括糖类、蛋白质、维生素等物质的代谢场所。叶酸是一种人体必需的B族维生素，它在人体中经过转化变成四氢叶酸，而四氢叶酸能够携带一碳单位参与核苷酸和脱氧核苷核酸的合成，可见叶酸在保持基因组稳定方面具有重要作用。分析叶酸代谢通路发现，甲硫氨酸合成酶(MTR)、亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶1(MTHFD1)、MTHFD2、线粒体系氨酸羟基甲基转移酶1(SHMT1)和SHMT2在叶酸代谢中起着重要的作用。本研究主要通过生物信息学分析的方法，分析上述6种叶酸代谢通路的关键基因在肝癌组织中的表达数据，研究其与临床预后、免疫调控之间的关系，为进一步研究叶酸代谢在肝癌的发生发展及预后中的意义提供理论依据。

资料与方法

一、在线数据库基因表达水平分析

Oncomine数据库(www.oncomine.org)和基因表达谱分析(GEPIA，http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)对叶酸代谢通路的关键基因在人肝癌组织及正常肝组织中的mRNA表达水平进行分析比较。以P<0.05、差异倍数>1.5倍为差异有统计学意义。

二、GEPIA预后分析

采用在线工具Kaplan-Meier生存曲线(www.kmplot.com)和GEPIA评估叶酸代谢通路关键基因mRNA表达的预后价值。

二、基因改变频率分析

采用cBioPortal数据库(http://www.cbioportal.org)分析肝癌患者中叶酸代谢通路关键基因改变的情况。

三、生物信息学分析

STRING(https://string-db.org/)和GeneMANIA(http://www.genemania.org)中分析叶酸代谢通路关键基因与其他基因或蛋白间的互作关系。

四、免疫浸润细胞的相关性分析

TIMER(https://cistrome.shinyapps.io/timer/)数据库中分析叶酸代谢通路关键基因在肝癌中与免疫细胞的相关性。……