APP下载

基于生物信息学构建宫颈鳞癌预后相关的免疫基因风险模型①

2021-08-23大连大学附属中山医院大连116001

中国免疫学杂志 2021年12期
关键词:差异分析模型

李 纯 张 青 魏 巍 (大连大学附属中山医院,大连116001)

宫颈鳞状细胞癌(cervical squamous cell carcino‑ma,CSCC)严重威胁女性健康,每年可导致几十万例患者死亡[1]。早期宫颈癌患者建议采取手术治疗,但晚期患者现有治疗手段疗效较差[2]。目前,国际妇产科联合会FIGO 分期是CSCC 最重要的预后因素,但无法反映CSCC 的生物学异质性。因此,识别与CSCC 预后相关的生物标志物,实现精准个体化治疗对患者尤其是晚期患者极为重要。免疫治疗是癌症个性化诊疗的主要驱动力,是新的宫颈癌治疗模式[3]。但免疫相关基因(immune related genes,IRGs)在宫颈癌临床相关性和预后中的意义尚未阐明。因此,本研究拟基于宫颈癌的IRGs构建风险模型,对宫颈癌患者进行分组,系统分析IRGs与预后的相关性,深入了解IRGs对宫颈癌预后的潜在临床应用价值,为宫颈癌靶向治疗提供新的生物标志物。

1 材料与方法

1.1 材料 从TCGA 和GTEx 数据库下载268 例CSCC临床样本的mRNA数据和临床信息,其中包含255例肿瘤标本和13例非肿瘤标本。通过免疫学数据 库 和 分 析 门 户 TCIA 数 据 库(https:/ /tcia. at/home)下载IRGs。

1.2 方法

1.2.1 差异基因分析 采用limma 包以FDR<0.05和|log2(FC)|>1 为阈值对所有转录数据进行差异分析,筛选所有差异IRGs。采用DAVID 数据库行GO和KEGG功能富集分析。

1.2.2 生存分析及TFs 的调控 通过单因素COX回归分析与生存相关的IRGs。从STRING 在线数据库提取临床相关转录因子(TFs),通过Cytoscape 软件构建IRGs 和TFs 调控网络,探讨TFs 和转录组的调控联系。

1.2.3 建立免疫相关基因的预后模型 基于多因素COX 回归分析整合的IRGs 作为独立的预后指标,以IRGs 表达数×Cox 回归系数构建预后模型。将患者按中位PI 值分为高、低风险组,评估不同宫颈癌患者PI 的预后价值。……

登录APP查看全文

猜你喜欢

差异分析模型
一半模型
相似与差异
隐蔽失效适航要求符合性验证分析
重尾非线性自回归模型自加权M-估计的渐近分布
找句子差异
电力系统不平衡分析
生物为什么会有差异?
电力系统及其自动化发展趋势分析
3D打印中的模型分割与打包
M1型、M2型巨噬细胞及肿瘤相关巨噬细胞中miR-146a表达的差异