综合生物信息学探究RNA结合蛋白对肾乳头癌预后的影响

2021-07-30檀飞飞刘同族

现代泌尿外科杂志 2021年7期

陈赵，檀飞飞，刘同族

(1.武汉大学中南医院泌尿外科，湖北武汉 430071；2.武汉大学人民医院消化内科，湖北武汉 430071)

肾细胞癌(renal cell cancer，RCC)是泌尿系统高发的疾病之一，主要有5大分型，肾乳头癌(kidney renal papillary cell carcinoma，KIRP)是其发病率第2的分型。RNA结合蛋白(RNA binding proteins，RBPs)是一种在细胞中稳定表达的结合蛋白，它与多种编码或非编码RNA结合，对细胞的生长起调节作用。RBPs在人多种癌症中被证明与预后相关，而在KIRP中的研究缺乏，故笔者就RBPs对肾乳头癌的预后影响进行了探究，报道如下：

1 资料与方法

1.1 数据的下载与处理从TCGA数据库下载人肾乳头癌基因表达样本321个，包括32个正常样本和289个肿瘤样本，并提供相应的临床信息。从GER等[1]的一次人类普查中收集了RBPs，总共获得了1 542个RBPs基因(表1)。原始数据采用limma软件包进行预处理。使用函数wilcox.test进行差异表达筛选，差异表达的RBPs以错误发现率(false detection rate，FDR)<0.05和|logFC|≥0.5纳入，FC为差异倍数(fold change，FC)。其中133个下调基因，259个上调基因(图1)。

A:热图;B：下调基因的火山图。

1.2 GO、KEGG富集分析使用R包“clusterProfiler”对差异基因进行了GO、KEGG富集分析，P<0.05被设为阈值标准，并使用R包“GOplot”对这些富集的结果进行了可视化处理。

1.3 蛋白网络互作和可视化处理使用String(检索相互作用基因/蛋白质的搜索工具)检测了所有差异表达的RBPs之间的蛋白质-蛋白质相互作用(https://string-db.org/)，并使用Cytoscape 3.6.1软件进行可视化处理，P<0.05为差异有统计学意义。

1.4 RBPs预后基因的筛选和预后模型的构建通过基于生存时间和生存状态对差异基因进行了单因素Cox分析，通过kmPfilter<0.01筛选出预后相关的RBPs基因。对预后相关的RBPs基因进行多因素Cox分析筛选出独立预后的RBPs基因，并建立了预后模型，随后对模型进行生存分析，绘制风险曲线、受试者工作曲线(receiver operating characteristic curve，ROC)曲线。

1.5 预后基因的免疫组化验证为了进一步确定这些独立预后基因在KIRP中的表达，使用了人类蛋白质图谱数据库中的免疫组化结果进行检验。