APP下载

Luminal型乳腺癌胞膜蛋白相关预后模型的构建与验证

2021-07-29朱钊雯贾卫娟刘洁琼

岭南现代临床外科 2021年3期
关键词:乳腺癌模型

朱钊雯,贾卫娟,刘洁琼

胞膜蛋白(plasma membrane proteins,PMPs)癌细胞增殖、转移和免疫逃逸等过程有关,随着这些基因表达水平的改变,细胞无限增殖、粘附细胞外基质、侵入血管或淋巴管、于靶器官定植的能力也发生了相应的变化[1-3]。乳腺癌现已成为危害女性健康最常见的癌症[4],而luminal型乳腺癌占所有乳腺癌的70%以上[5]。

由于PMPs在肿瘤发生发展中经过受体配体结合发挥相应的生物效应,成为许多抗癌药物研发的目标靶点[6],如多种细胞表面受体和离子通道[7-9]。然而,近来除了CDK4/6抑制剂外,应用于Luminal型乳腺癌的新型PMPs相关治疗靶向有限[10]。同时,鉴于PMPs表达于细胞膜上,便于临床上的定性定量检测,更能快速有效地获取每一位患者的相应肿瘤表达特点,进而运用于临床工作。本研究旨在获得一种有效的Luminal型乳腺癌PMPs相关预后预测模型,同时尽可能为Luminal型乳腺癌患者筛选出潜在的PMPs相关治疗靶点。

1 材料和方法

1.1 临床样本及数据采集

从TCGA数据库中下载Luminal型乳腺癌转录组RNA测序数据和这些患者的临床信息作为训练集,包括769例Luminal型乳腺癌和111例正常组织样本。排除标准包括:患者①无乳腺癌分子分型信息;②不具备完整的临床数据:包括总生存期(overall survival,OS)、生存状态、诊断年龄、肿瘤大小(T)和淋巴结转移情况(N)。另外,我们从GEO数据库下载了两个微阵列数据集GSE20685和GSE37751中的RNA测序数据及临床信息作为外部验证集。最终,246例Luminal型乳腺癌患者被纳入验证集。同时我们从人类蛋白质图谱数据库中获得了相应的PMPs基因列表。

1.2 训练集差异表达基因分析

利用R软件中Limma包将肿瘤组织与正常组织进行比较,得到所有差异表达基因(deferentially expressed genes,DEGs)和差异表达PMPs(DEPMPs)。……

登录APP查看全文

猜你喜欢

乳腺癌模型
一半模型
绝经了,是否就离乳腺癌越来越远呢?
重尾非线性自回归模型自加权M-估计的渐近分布
乳腺癌是吃出来的吗
胸大更容易得乳腺癌吗
男人也得乳腺癌
别逗了,乳腺癌可不分男女老少!
3D打印中的模型分割与打包
FLUKA几何模型到CAD几何模型转换方法初步研究
吃错了 小心得乳腺癌!