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生物信息学分析线粒体基因在前列腺癌生化复发中的作用

2021-07-09韩兆冬邓煜麟冯源发蔡尚桦唐镇锋钟惟德

广东药科大学学报 2021年3期
关键词:前列腺癌意义分析

韩兆冬,邓煜麟,冯源发,蔡尚桦,唐镇锋,钟惟德

(广州市第一人民医院/华南理工大学附属第二医院泌尿外科,广东广州 510180)

前列腺癌是男性泌尿生殖系统的常见恶性肿瘤,其发病率在世界范围内位居男性恶性肿瘤第2位[1]。在我国,前列腺癌则位居发病率第6位,死亡率第10位,其5年生存率远低于美国[2]。随着前列腺肿瘤早期筛查的推广,更多的早期前列腺癌患者被确诊,接受根治性切除手术治疗后可获得良好的预后。但仍有相当多的患者在确诊前列腺癌时已经失去手术的机会,并且在接受内分泌治疗一段时间后,出现生化复发,预后欠佳。因此,急需寻找新的生物标记物为前列腺癌的早期治疗提供新的治疗靶点。

众所周知,大多数癌细胞依赖于有氧糖酵解产生能量的Warburg效应。然而,与大多数依赖有氧糖酵解的癌细胞不同,前列腺癌细胞与良性细胞相比,其表现出在线粒体中更活跃的柠檬酸循环活性[3]。为此,我们通过公共数据库下载前列腺癌患者的肿瘤测序及临床信息进行分析,以探讨线粒体基因与前列腺癌患者生化复发的相关性,并分析其在前列腺癌生化复发中发挥作用的信号通路。

1 方法

1.1 数据下载

TCGA公共数据库(TCGA-PRAD,https://www.cancer.gov/tcga)下载498名前列腺癌患者转录组数据和相应的临床数据。BROAD公共数据库(https://www.broadinstitute.org/mitocarta)下载MitoCarta3.0数据集,其中包含1 135个编码人类线粒体蛋白的基因。

1.2 基因筛选

通过生存分析筛选出生化复发具有统计学差异的基因,生存分析采用Kaplan-Meier法,生存率Log-rank检验。……

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