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人巨细胞病毒gH和PP65蛋白的B、T细胞优势抗原表位预测

2021-05-19张倩文王爽祝颖刘泽媛余波王斌

精准医学杂志 2021年2期
关键词:优势分析

张倩文 王爽 祝颖 刘泽媛 余波 王斌

(青岛大学基础医学院,山东 青岛 266071)

人巨细胞病毒(HCMV)是一种普遍存在的病原体,属于β疱疹病毒亚科,人群中的潜在感染率很高[1]。潜伏感染几乎不会对健康个体造成严重威胁,但是在免疫功能低下的人群中如器官或造血干细胞移植者中,感染了HIV或患有淋巴细胞白血病的患者中[2],先天性感染HCMV的新生儿中[3],则会导致病毒活化和各种HCMV相关疾病[4-7],增加家庭和社会的经济负担。目前抗HCMV的药物副作用较大,也没有相应的疫苗被批准上市[8-9]。研究发现HCMV可编码大量病毒包膜蛋白[10],其中gB和gH蛋白是两种主要的糖蛋白,是病毒侵入细胞的必需蛋白[11],也是抗病毒抗体应答的重要靶点,这两个蛋白的被关注度最高[12]。目前亚单位疫苗针对gB蛋白研究较多,较少有将gH蛋白作为目标蛋白的研究。HCMV PP65蛋白是病毒支架蛋白,是病毒被膜中含量最丰富的成分[13],在调节病毒激酶活性以及减弱宿主抗病毒反应中均发挥重要作用[14-15],也是T细胞应答的主要靶点,在HCMV疫苗中可作为T细胞诱导的亚单位[16-19]。本研究利用生物信息学方法对gH和PP65蛋白的B、T细胞优势抗原表位进行预测,为HCMV亚单位疫苗的研发提供有价值的理论依据。

1 材料与方法

1.1 gH和PP65蛋白的二级结构预测

首先从NCBI蛋白质数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/)中获得gH和PP65蛋白的氨基酸序列。利用在线分析软件SOMPA(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)[20]对gH和PP65蛋白的二级结构进行分析,计算α-螺旋、β-转角、β-折叠和无规卷曲所占比例,明确β-转角及无规卷曲所在位点。

1.2 gH和PP65蛋白B细胞……
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