微RNA风险评分模型预测肝细胞癌预后的价值分析
2021-05-17黄秀红谢肖立姜慧卿
黄秀红,谢肖立,姜慧卿
河北医科大学第二医院 消化内科,石家庄 050000
肝细胞癌(HCC)是最常见的原发性肝癌,其发病率在所有恶性肿瘤中排第6位,致死率排第4位,世界卫生组织估计,截至2030年,全球每年将有超过100万死于HCC的患者[1-2]。由于HCC起病隐匿,进展迅速且异质性高,尽管外科手术、射频消融、化学栓塞甚至肝移植已广泛用于HCC治疗,但HCC患者的存活率仍然较低[3-4]。由于与HCC发生和发展有关的生物学过程非常复杂,迄今为止尚无敏感高效的预后生物标志物,因此,有必要探索新的能够高效预测HCC预后的生物标志物或模型,用于HCC的诊断、预后和治疗。
微RNA(microRNA,miRNA)是一类参与mRNA转录后调控的非编码小RNA,通过与目标mRNA的3′非编码区结合,抑制转译或降解mRNA,继而在转录后水平调控靶基因的表达,从而影响细胞生物学功能,miRNA的差异表达在多种恶性肿瘤的发生发展中发挥关键作用[5-6],而且多项研究[7-9]已经确定miRNA模型能够预测恶性肿瘤患者的预后,比如乳腺癌、前列腺癌及卵巢癌。而在本次研究中,首先从TCGA中下载HCC基因及临床数据,随后找出与HCC预后相关的miRNA,构建预测HCC预后的miRNA风险评分模型,并验证其检验效能。
1 资料与方法
1.1 数据下载与整理 从TCGA数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)中下载HCC miRNA转录组数据及临床数据。
1.2 差异分析 利用R语言的limma包对HCC与正常肝组织之间的miRNA进行基因差异表达对比分析,并设置差异倍数log2FC(fold change,FC)>1.0且P<0. 01。
1.3 miRNA风险评分模型的构建 从临床数据中提取生存信息,包括生存时间和生存状态,与差异表达的miRNA进行整合,利用R……
