2型糖尿病关键信使RNA和微小RNA的鉴定▲
2021-03-18李圣琦吴林秀
李圣琦 杨 峥 吴林秀
(1 广西卫生职业技术学院医学系,南宁市 530023,电子邮箱:22535821@qq.com;2 广西医科大学第一附属医院检验科,南宁市 530021)
随着人们生活水平的提高,饮食丰盛和运动缺乏使得2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)已经逐渐成为影响国民健康的主要因素,仅次于心脑血管疾病与恶性肿瘤[1-2]。有数据显示,中国T2DM的患病率约11%,60岁以上的老年人糖尿病患病率在20%以上[3]。糖尿病能够引发一系列严重并发症,进一步影响人们的生活质量。目前虽有很多关于T2DM遗传方面的发病机制的研究报道,但仍需进一步探讨。
近年来,随着微阵列技术的广泛应用,越来越多研究者利用高通量的表达谱分析平台检测各种疾病中基因的表达差异,来分析疾病发展过程中遗传变异的情况[4]。尽管在过去的几十年,对T2DM的机制研究越来越清晰,并且已经有相关研究利用表达谱技术分析相关基因在T2DM中的作用[5],但是关于差异基因和微小RNA(microRNA,miRNA)通过何种分子途径相互作用,却鲜有研究报道。因此,我们利用生物信息学方法分析T2DM中差异表达的信使RNA(message RNA,mRNA)和miRNA之间的相互作用,特别是相互作用网络中的路径,以总结关键mRNA和miRNA在T2DM中的潜在作用机制。
1 资料与方法
1.1 mRNA和miRNA基因芯片表达谱数据的收集 通过公开的GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)检索与T2DM相关的研究,获得两个基因表达谱数据集(GSE76895和GSE27645)进行分析。每个数据集均含有T2DM组织样品和正常组织样品,其中GSE76895包含36例T2DM患者、32例正常人以及15例糖耐量受损患者的胰岛组织芯片数据,GSE27645包含14例T2DM患者以及10例正常人外周血miRNA谱芯片数据。……
