二代测序检测非小细胞肺癌多驱动基因突变对临床诊疗的意义
2021-01-23郑文亮郗彦凤郭江红郭艳琳
郑文亮,郗彦凤,高 宁,郭江红,白 玮,郭艳琳
肺癌是全球最常见的癌症,也是癌症死亡的主要类型,其中非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)占肺癌的75%~85%。NSCLC患者一般在确诊时已是晚期,预后较差。近年来,NSCLC的治疗在驱动基因抑制剂、效应通路抑制剂和免疫抑制剂的研发等方面取得发展。在治疗前全面了解NSCLC驱动基因突变谱,能够帮助临床选择合适的靶向药物进行治疗,从而有效延长患者的生存期。目前临床病理常用的检测技术尚存一定的局限性,无法同时进行多基因、多位点的定性定量检测。本实验通过二代测序技术(next-generation sequencing, NGS)对209例NSCLC进行10种驱动基因突变联合检测,分析这些驱动基因突变特点及其与临床病理特征的关系;对NGS检测与FISH、免疫组化(IHC)、RT-PCR检测结果进行一致性分析,探讨应用NGS技术对NSCLC驱动基因联合检测的临床意义。
1 材料与方法
1.1 材料收集2016年3月~2018年3月山西省肿瘤医院手术切除且经病理确诊的209例中晚期NSCLC石蜡包埋组织。其中,男性128例,女性81例;年龄范围31~82岁,中位年龄59岁,分为两组:≥60岁104例,<60岁105例;有吸烟史110例,无吸烟史99例;临床分期:Ⅲ期87例,Ⅳ期122例;腺癌178例,非腺癌(包括肺大细胞癌、肺鳞癌、肺神经内分泌癌及肺腺鳞癌)31例。收集入组病例往期院内EGFR-PCR检测结果,ALK融合FISH和IHC检测结果,ROS1-PCR检测结果。
1.2 DNA提取与突变检测209例肺癌组织样本按照厦门艾德的核酸提取试剂(FFPE DNA/RNA闽厦械备20150082号)提取DNA用于Illumina MiniSeq测序平台(Illumina NextSeqCN500贝瑞合康)进行测序,根据厦门艾德人类癌症多基因突变联合检测试剂盒说明书进行基因突变检测。
1.3 统计学分析采用SPSS 25.0软件进行统计学分析,变量组间比较采用χ2检验,理论频数<5的则采用Fisher确切概率法,不同检测方法之间的一致性分析采用Kappa检验。
2 结果
2.1 10种驱动基因联合检测突变情况209例NSCLC中10种驱动基因突变联合检测总体突变阳性率为69.9%(146/209),分别是EGFR(37.6%,80/209)、ALK(13.1%,28/209)、KRAS(11.3%,24/209)、ROS1(3.3%,7/209)、HER-2(1.9%,4/209)、PIK3CA(1.4%,3/209)、BRAF(0.9%,2/209)、RET(0.5%,1/209)、MET(0,0/209)、NRAS(0,0/209)。有3例为两种基因共存突变(表1)。……
