基于TCGA讨论EPHB2表达与子宫内膜癌预后的关系
2021-01-18王翠翠马晓欣
王翠翠,马晓欣
子宫内膜癌(endometiral cancer, EC)是最常见的妇科恶性肿瘤之一,早期EC预后较好,5年生存率能达到90%以上,然而,Ⅲ期、Ⅳ期EC患者5年生存率仅有60%、20%[1]。促红细胞生成素的肝癌细胞(erythropoietin-producing hepatomocellular, Eph)受体根据序列同源性及相应配体肝配蛋白亲和性不同分为A(EphA1-10)、B(EphB1-6)两大类。近年来,越来越多的研究[2-3]表明EphB2作为家族成员之一和配体一起可以调节细胞的许多功能,包括增殖、自噬、凋亡、侵袭及上皮间质转化等,虽然有研究[4-6]报道EphB2在很多恶性肿瘤中,与正常组织相比表达有差异,但其与EC的关系尚无研究。该文基于TCGA探讨EPHB2的表达与EC患者预后关系,并利用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)进一步了解那些既涉及EPHB2调控网络又参与子宫内膜癌的发生发展的可能的生物学通路。
1 材料与方法
1.1 材料从TCGA官网(https://cancergenome.nih.gov/)下载子宫内膜癌(UCEC)校正后的基因转录组数据575例和临床样本数据548例。EPHB2在23例正常的子宫内膜组织及552例EC组织间的表达差异通过散点图表现。再比较EPHB2在不同临床病理参数间的表达情况。最后利用校正后的基因表达数据和相应的临床样本数据做单因素及多因素分析及GSEA。
1.2 方法GSEA是一种基于Java平台利用电脑计算方法分析一种或一组预先定义的基因在两种不同生物状态之间差异是否有统计学意义。该文中GSEA以所有基因与EPHB2表达的相关性生成的有序的基因列表为基础,并以EPHB2在EC中的表达水平作为标签,分成高表达组及低表达组,阐明EPHB2高表达组与低表达组之间是否存在生存差异。每个分析行1 000次基因组排列。以归一化评分对各表型中富集的途径前后排序。……
