横纹肌肉瘤中融合基因阳性和阴性细胞功能学及差异miRNA生物信息学分析
2021-01-18王晓萌李真真张海俊党鸿蔚刘春霞
王晓萌,李真真*,孟 莲,张海俊,党鸿蔚,李 锋,刘春霞
横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma, RMS)好发于儿童及青少年[1],常见亚型为胚胎性横纹肌肉瘤(embryonal RMS,ERMS)、腺泡型横纹肌肉瘤(alveolar RMS,ARMS),ERMS发病率约60%,ARMS发病率约20%;由于ARMS中存在PAX3/PAX7-FOXO1融合基因,其恶性程度高,致死率更高[2]。已在成肌细胞模型中发现PAX3-FOXO1的表达可以促进RMS的发展[3]。因此,全面探索融合基因在RMS细胞中发挥的作用就显得尤为重要。
miRNA作为一种非编码RNA,对癌症的抑制或表达发挥重要作用。miR-27a等不同miRNA可以促进RMS侵袭、迁移等生物学行为[4],但尚未见在RMS细胞中比较融合基因阳性和阴性的生物学行为的研究,融合基因和miRNA的相关研究较少。因此,该文将比较RMS细胞融合基因阳性和阴性的生物学行为并结合生物信息学分析差异miRNA,为后续基因及信号通路的研究提供参考。
1 材料与方法
1.1 细胞系和细胞培养人RD和PLA-802细胞系购自中国科学院细胞库; RH30细胞系购自上海复翔生物技术有限公司;PLA-802、RH30和RD细胞的培养基为含10%胎牛血清的DMEM培养基(美国赛默飞公司),在37 ℃、5%CO2培养箱中培养。
1.2 主要试剂Cell Counting Kit-8购自上海东仁化学技术有限公司;Total RNA Kit、miScript II RT Kit、miScript SYBR Green PCR Kit均购自德国QIAGEN公司;Ultra SYBR Mixture(Low ROX)购自北京康为世纪公司;TIAN Script RT Kit购自北京天根生物科技公司;Transwell小室购自美国Corning Coster公司;Annexin V-FITC/PI双染细胞凋亡检测试剂盒购自南京凯基生物有限公司;miRNA引物购自上海生工生物工程有限公司。
1.3 方法
1.3.1CCK-8试验 在96孔板中(3×103个/孔)接种RMS细胞,分别在0、24、48和72 h,向RMS细胞中加入CCK-8试剂(10 μl/孔),并在37 ℃、5%CO2的潮湿培养箱中孵育2 h。避光使用Biotek酶标仪(美国Bio-Rad)记录450 nm的吸光度(optical density, OD)值。
1.3.2Transwell试验 收集RMS细胞(200 μl,25 000个/孔)。侵袭试验需提前……
