探针导向重组酶介导等温扩增法检测MTB rpoB基因突变的应用价值
2020-06-13李鑫娜申辛欣王瑞白段素霞张瑞卿王瑞欢白雪丁凡国豪王金荣高源陈子巍马学军
李鑫娜 申辛欣 王瑞白 段素霞 张瑞卿 王瑞欢 白雪丁 凡国豪 王金荣 高源 陈子巍 马学军
利福平作为一线抗结核药物,主要通过与细菌的RNA聚合酶的β亚单位结合,干扰细菌的RNA转录,从而发挥杀菌作用。编码RNA聚合酶β亚单位的基因(rpoB基因)中有一段长81 bp的利福平耐药决定区(rifampin resistance-determining region, RRDR;密码子507~533,共27个氨基酸),超过95%的利福平耐药MTB菌株在该区域内发生突变,而密码子516、526和531是最常见的突变位点[1]。
目前,核酸检测技术更迭迅速,使得MTB分子生物学药物敏感性试验(简称“药敏试验”)技术发展迅速,例如,聚合酶链反应-单链构象多态性方法(PCR-SSCP)[2]、荧光定量PCR方法[3]、高分辨率熔解曲线法[4-5]、反向探针杂交方法[6]、基因芯片技术[7-8]等。这些方法和技术虽结果准确,但需要专业人员进行操作,且实验对仪器设备依赖性较高,需要高精密仪器。重组酶介导等温扩增法(recombinase aided amplification, RAA)是一种适合现场和基层的等温核酸扩增方法。该方法操作简便,可利用便携式仪器快速进行病原微生物检测[9-10]。笔者实验室曾建立探针导向的重组酶介导的等温扩增法(probe-directed recombinase amplification,PDRA),并成功应用于5,10-亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)A1298C的单核苷酸多态性(SNP)位点检测[11]。本研究中,笔者拟探究采用PDRA方法检测MTB的rpoB基因516位点突变的应用价值。
材料和方法
1.菌株来源:6株MTB利福平耐药菌株、35份MTB培养阳性的痰标本均来自中国疾病预防控制中心传染病所结核病室。
2.细菌基因组制备:采用十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)方法进行细菌基因组提取[12]。方法简述如下:80 ℃灭活30 min,离心弃上清,菌体沉淀用400 μl TE缓冲液旋起,加入溶菌酶,37 ℃孵育16~20 h。……
