黄翀 郑雅慧 张巨波

肝纤维化是病毒性肝炎、酒精性肝病等各种慢性肝损伤后肝脏的创伤愈合反应，其特征为肝脏中过量细胞外基质蓄积，破坏肝组织结构和功能，是慢性肝病发展至肝硬化的必经病理阶段[1-6]。最新全球疾病负担数据显示，2017年超过132万人死于各种慢性肝病及相关肝硬化，造成了严重的社会经济负担[7]。因此当前亟待阐明肝纤维化的发病机制，制订有效的抗纤维化治疗策略，改善患者预后。

资料与方法

一、数据来源

本研究芯片数据下载自GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed)。GSE19865芯片采用GPL8824平台(Agilent-019119 Mouse miRNA Microarray 1.0 G4472A)，包含3只橄榄油处理小鼠及5只四氯化碳处理小鼠。GSE66278芯片采用GPL17017平台(TaqMan Rodent microRNA A array v 2.0),包含2只正常小鼠及6只四氯化碳处理小鼠。

二、芯片分析及差异miRNA筛选

miRNA芯片分析采用数据库自带软件GEO2R(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r)。GSE19865芯片以橄榄油处理组为对照组，四氯化碳处理组为肝纤维化组进行分析。GSE66278以正常小鼠为对照组，四氯化碳处理组为肝纤维化组进行分析。选取P<0.05且差异倍数|logFC|≥0.585为条件筛选差异 miRNA。

三、miRNA靶基因预测

miRNA靶基因预测采用TargetScan(http://www.targetscan.org/vert_72/)及microT-CDS(http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=microT_CDS/index)两款在线软件进行分析，预测结果取交集得到miRNA靶基因。

四、靶基因功能分析

利用Cytoscape 软件(version 3.5.1)的ClueGO插件对靶基因进行功能分析，包括Gene Ontology(GO) biological process, GO molecular function以及Reactome pathway分析，对P<0.05的富集结果通过Cytoscape进行可视化。

结 果

一、差异microRNA

通过GEO2R进行芯片分析，按P<0.05且差异倍数|logFC|≥0.585为条件筛，GSE19865芯片中miRNA上调37个，下调0个；GSE66278芯片中miRNA上调19个，下调18个，见表1。两组芯片中表达均上调的miRNA为mmu-miR-802，见图1A，其在不同芯片中的表达水平见图1B。

二、miRNA靶基因

TargetScan预测得到mmu-miR-802潜在靶基因250个，microT-CDS预测分析显示mmu-miR-802潜在靶基因为666个，通过对两款软件预测结果取交集得到mmu-miR-802靶基因138个，见图2。

三、靶基因Pathway分析及GO分析

通过Cytosccape插件ClueGO对138个靶基因进行功能分析，结果显示上述基因显著富集于22条Reactome pathway，36种生物学过程及21种分子功能，见图3。……