银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析
2019-05-21何剑戈夏群吴凯楠杨凯锐1贾栋1李明昊
何剑戈,夏群,吴凯楠,杨凯锐1,,贾栋1,,李明昊
(1中国人民武装警察部队后勤学院,天津300000;2中国人民武装警察部队特色医学中心;3中国人民解放军92126部队;4天津医科大学;5天津中医药大学)
银屑病性关节炎(PsA)是一种慢性、免疫介导性的炎症性关节病,表现为关节和血管的炎症,包括轴向骨骼的炎症,并与心血管疾病的病死率增加有关[1]。银屑病关节炎与不同程度的残疾有关,延误诊断还可增加死亡风险,因此,早诊断、早治疗可预防关节破坏及改善预后[2,3]。目前还没有公认的血清学筛查方法用于该病的早期诊断。PsA病因尚不清楚,可能是遗传、免疫和环境因素相互作用的结果。PsA有明显的遗传因素,许多基因都与该病的易感性有关[4]。基因芯片技术有助于确定某种疾病特异的诊断标志物或关键的致病基因[5]。生物信息学是分析处理生物分子信息、揭示生物分子信息内涵的一种技术[6],可在生物医学领域获取大量信息,用于遗传性疾病的预防、诊断和治疗相关研究[7]。2018年5~10月,本研究以PsA基因芯片数据作为研究对象,筛选PsA的致病基因并进行生物信息学分析。现报告如下。
1 材料与方法
1.1 主要实验材料 本研究所用芯片数据来源于美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(GEO),芯片数据编号为GSE61281,基于GPL6480平台(Agilent-014850 Whole Human Genome Microarray 4x44K G4112F),疾病类型为PsA和银屑病[8]。该芯片数据有52个样本,包括12个来自正常人的外周血样本(对照组)、20个PsA患者的外周血样本(试验组)和20例银屑病患者的外周血样本(试验组)。本研究分析12个对照组外周血样本和20个PsA患者外周血样本的芯片数据。……
