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碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌ERIC-PCR指纹图谱分型的研究

2018-11-28辛力华张琼芳熊大迁

解放军医药杂志 2018年11期
关键词:烯酶烯类克雷伯

李 睿,辛力华,张 青,张琼芳,王 芳,任 然,熊大迁

耐药菌株的出现给抗感染治疗带来极大困扰,细菌一旦对抗生素产生耐药性且未经及时治疗和控制,可导致患者间及患者与医务人员之间出现交叉感染,甚至暴发流行[1-3]。肺炎克雷伯菌在自然界土壤、水源中分布广泛,同时亦是人类肠道菌群的重要组成部分。当人体免疫力降低时,肺炎克雷伯菌可作为条件致病菌引起肺炎、肠炎、泌尿系统炎症、败血症等多种类型的感染。碳青霉烯类抗生素因具有抗菌谱广、抗菌活性强、β-内酰胺酶稳定性高、副作用小等优势,被广泛用于多重耐药肠杆菌科细菌引起的严重感染,导致了碳青霉烯类耐药肠杆菌科细菌诞生,尤以碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(KPC)最常见[4-5]。由于可供选择的抗生素范围有限,其预防和感染控制难度较大,患者预后差、病死率高,现已引起了WHO的广泛关注[6]。本研究收集了我院临床分离的31株KPC进行药敏试验及耐药表型、基因型检测、同源性分析,旨在了解KPC耐药情况及耐药基因特点,为临床抗感染治疗及院感防控提供理论依据。现报告如下。

1 材料与方法

1.1菌株来源 收集我院2016年7月—2017年4月临床标本中分离出的31株KPC纳入试验范围,质控菌株包括大肠埃希菌ATCC25922、金黄色葡萄球菌ATCC25923、铜绿假单胞菌ATCC27853、肺炎克雷伯ATCC700603、肺炎克雷伯ATCCBAA-1705,肺炎克雷伯ATCCBAA-1706。

1.2实验仪器与试剂

1.2.1实验仪器:生物梅里埃VITEK 2-Compact全自动微生物鉴定/药敏分析仪、BACT/ALERT 3D 60/120血培养仪、二氧化碳培养箱,生物安全柜,比浊仪、伯乐PCR仪、伯乐电泳仪、北京六一照交仪。

1.2.2实验试剂:①AST-GN13药敏卡,包括环丙沙星、左氧氟沙星、头孢唑林、头孢曲松、头孢他啶、头孢吡肟、四环素、氨曲南、阿莫西林/克拉维酸、氨苄西林、庆大霉素、阿米卡星、美罗培南、亚胺培南、哌拉西林、复方新诺明16种抗生素。美国Thermo Fisher的细菌基因组提取试剂盒和PCR MIX。②血平板、麦康凯平板、嗜血巧克力平板、普通巧克力平板、血培养瓶均为生物梅里埃公司产品。药敏纸片英国公司Oxoid公司生产。

1.3细菌鉴定与药物敏感性试验 分离鉴定及药敏试验按照《全国临床检验操作规程》[7]进行操作,所有菌株经法国梅里埃公司全自动微生物鉴定药敏分析系统(VITEK 2-Compact全自动微生物鉴定/药敏分析仪)进行鉴定。药敏结果判定符合美国临床实验室标准委员会(CLSI-M100-S26)标准[8]。

1.4产碳青霉烯酶表型 按CLSI标准进行Hodge试验,将配置所得麦氏度0.5的标准大肠埃希菌ATCC25922经无菌生理盐水以1∶10比例稀释后均匀涂于M-H琼脂平板上,干燥3 min以后,将10 μg/片的厄他培南或美罗培南药敏纸片贴于平板中央,待测菌株从药敏纸片边缘向平板边缘画线,长度20~25 mm,操作过程严格遵循无菌操作原则,置于35℃温箱孵育过夜。产碳青霉烯酶阳性判定标准:被测菌株画线与大肠埃希菌抑菌ATCC25922圈交叉处见到大肠埃希菌向药敏纸片方向生长增强。

1.5细菌DNA模板制备 选择3~6个新鲜菌落,滴加400 μl双蒸水后振荡均匀,沸水浴15 min,冰浴2 min后,离心10 min(转速15 000 r/min),取上清液为细菌DNA模板,置于4~8℃冰箱保存。

1.6细菌耐药基因PCR检测 引物设计参照文献[9]。引物由生物工程公司(上海)合成。见表1。PCR反应体系共50 μl,包括 25 μl的Taq PCR Master Mix,2 μl的上、下游引物,1 μl的待测菌DNA模板,20 μl的双蒸水。反应参数:94℃预变性5 min,变性94℃ 1 min →退火1 min→72℃ 90s,循环35个周期 →72℃延伸10min。取10μl PCR反应产物经含4S Red plus的20 g/L琼脂糖凝胶电泳,经凝胶成像系统观察分析并拍照保存。

表1 引物序列及目的产物长度

1.7PCR产物测序分析 PCR产物提纯后送生物工程公司(上海)测序,测序结果在NCBI网站用BLAST比对,确定基因型。

1.8ERIC-PCR同源性分析 PCR反应体系共25 μl,包括 0.4 μl 的5 U/μl Exp Tap,2.5 μl 的10×buffer,2 μl 的2.5 mmol/L dNTP,2μl上、下游引物,2μl待测菌DNA模板, 双蒸水补足至25 μl。反应参数:94℃预变性3 min,变性94℃ 1 min →55℃ 1 min→72℃ 90 s,循环35个周期 →72℃延伸10 min。引物序列:R-ATGTAAGCTCCTGGGGATTCAC,F-AAGTAAGTGACTGGGGTGAGCG。扩增产物经琼脂糖凝胶电泳45 min(90V),紫外凝胶成像仪拍照。统一基因型:扩增条带完全相同;亚型:主条带相同,副带相差1或2条;不同基因型:条带相差2条以上。

2 结果

2.1菌株分布 31株KPC主要来源于重症监护室,共19株,占61.29%;急诊科6株,占19.35%;呼吸内科3株,占9.68%;肾内科、心内科、康复科各1株,占3.23%。

2.2药敏试验结果 所测KPC菌株对β-内酰胺类药物100%耐药,仅部分菌株对四环素、庆大霉素、阿米卡星、复方磺胺甲口恶唑表现敏感,敏感率分别为3.23%、9.68%、90.32%、67.74%。见表2。

表2 31株KPC药敏试验结果

2.3改良Hodge试验结果 改良Hodge试验结果发现31株KPC中29株均为阳性。

2.4PCR扩增结果及序列分析 30株肺炎克雷伯菌以KPC引物扩增出目的条带,经测序及NCBI网站BLAST比对证实为blaKPC-2基因型;1株肺炎克雷伯菌以IMP11引物扩增出目的条带,经测序及NCBI网站BLAST比对证实为blaIMP-1基因型。电泳结果见图1。

2.5ERIC-PCR结果 ERIC-PCR扩增条带2~4条,31株KPC可分为30株A1型(包含KPC-2基因)及1株A2型(包含IMP-1基因)。电泳结果见图2。

图1部分碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌PCR扩增产物电泳图

M为Marker DNA2000,1~6为产blaIMP-1的肺炎克雷伯菌

图2部分碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌ERIC-PCR扩增产物电泳图

M为Marker DNA2000,1~17为碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌菌株

3 讨论

碳青霉烯类抗生素系治疗多重耐药菌感染的临床常用β-内酰胺类抗生素,上世界90年代末碳青霉烯类抗生素进入国内市场,使用量迅速增长,但同时也导致了KPC的产生,给临床疾病的治疗带来更大威胁。目前认为KPC产生机制与膜孔蛋白表达质/量的缺失合并及产碳青霉烯酶相关[10-11]。现已发现KPC1~17等16种亚型(KPC-1与KPC-2被证实为相同类型),其中以KPC-2及KPC-3最为常见[12-13]。本研究中31株肺炎克雷伯菌共有30株(96.77%)经测序证实为KPC-2,提示我院目前主要流行KPC-2,与国内外报道[14-16]的流行趋势一致。本研究还发现KPC菌株主要集中于重症监护室,提示该科室患者为KPC菌株感染高危人群,可能存在耐药菌株,在一定条件下易导致院内传播,应引起临床重视,重点防控。

改良Hodge试验结果是CLSI推荐的KPC基因型碳青霉烯酶筛查方法,本研究检测结果与PCR检测结果具有较高一致性,敏感性高达93.55%,2株KPC-2基因型Hodge试验呈现出假阴性,其原因可能与被测菌株耐药基因丢失或低水平表达相关。黄峰等[17]采用改良Hodge试验与KPC基因检测结果的符合率高达100%,提示改良Hodge试验具有较高灵敏度,可用于疑似产碳青霉烯酶细菌的表型监测。李轲等[18]发现碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌对大多数抗生素耐药,仅氨基糖苷类、氟喹诺酮类、黏菌素等抗生素可在体外发挥抗菌效果。本研究药敏试验结果显示,KPC菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、头孢唑林、头孢曲松、头孢他啶、头孢吡肟、氨曲南、阿莫西林/克拉维酸、氨苄西林、美罗培南、亚胺培南、哌拉西林等β-内酰胺类药物均100%耐药,仅部分菌株对四环素、庆大霉素、阿米卡星、复方新诺明存在活性,这给临床治疗带来极大困难,进一步探究发现这些细菌均源于ICU标本,疑有高度同源性。

ERIC-PCR方法操作简单便捷,可作为实验室大量菌株初步分型检测的常用方法,同时本研究结果还可显示我院存在克隆菌株流行趋势。因此,临床医师应谨慎合理的选择抗菌药物的使用,加强KPC-2型碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌的监测,防止耐药性传播。临床科室做好医院环境的消毒隔离,强化医护人员无菌操作培训教育,提高多重耐药菌医院感染控制的重视,减少医院内交叉感染,有效防止耐药菌株进一步蔓延扩散。

综上所述,产KPC-2型碳青霉烯酶肺炎克雷伯菌耐药程度较高,临床治疗较为棘手,感染患者预后差,应采取积极防控措施遏制其流行趋势。

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