刑法不溯及既往原则是指刑法对于其颁布生效之前实施的行为一般情况下没有适用的效力，只有当刑法的新规定与旧规定相比有利于被告人时，才可以溯及既往地适用。追诉时效制度是指具体犯罪行为实施后，经过根据犯罪的严重程度而确定的不同期间没有进行追诉，则不能再予追诉。当具体犯罪的刑罚种类或者刑罚数量规定发生变化后，针对该犯罪的追诉期限也相应发生了变化，立法机关也可能在不改变具体犯罪刑罚后果的情况下直接减少或延长一项犯罪的追诉时效，这些都会造成对被告人有利或不利的局面。那么，刑事追诉时效制度是否应受刑法不溯及既往原则的约束呢？司法实践中遇到上述情况，该如何同时适用刑法不溯及既往和刑事追诉时效这两项制度呢？

笔者认为，刑法不溯及既往原则仅仅适用于实质性法律，对于程序法来说，原则上不适用禁止溯及既往，新的程序性条文从生效时起就适用于尚未完结的程序。刑法不溯及既往原则根源于罪刑法定原则，其目的是为了防止法律变更导致行为人法律地位恶化的，这里的法律变更应指足以影响行为的可罚性范围与其法律效果的法律规定的变更，当然不包括行为人明知其行为若干年后将不被处罚。我国虽然在《刑法》第四章第八节规定了刑事追诉时效制度，但并不意味着追诉时效制度就属于刑事实体法律制度。《刑法》第十二条规定“本法施行以前的行为，当时的法律认为是犯罪，依照本法总则第四章第八节的规定应当追诉的，按照当时的法律追究刑事责任”,这一规定很明确地表明《刑法》关于追诉时效的规定适用于《刑法》施行以前的行为。……