胡根海， 董 娜

(河南科技学院， 现代生物育种河南省协同创新中心， 河南 新乡 453003)

Genbank中陆地棉表达序列标签(EST)与基因组序列(GSS)的SNP特征

胡根海， 董 娜

(河南科技学院， 现代生物育种河南省协同创新中心， 河南 新乡 453003)

陆地棉基因组精细定位需要更加丰富的分子标记，为了阐明单核苷酸多态性(SNP)标记资源开发利用的前景，对GenBank数据库中陆地棉表达序列标签(EST)和基因组序列(GSS)进行分析。下载GenBank数据库中公布的陆地棉EST序列及GSS序列，利用DNAStar软件进行叠连群构建及其候选SNP位点分析。结果表明：陆地棉EST序列307 414条及GSS序列242 015条，EST序列构建3 737个叠连群，序列累计10 477 241 bp。由4条及以上序列组成的叠连群累计序列长度为3 761 800 bp，发现候选SNP位点1 007 258个，叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为2.32%。GSS序列共构建1 517个叠连群，序列累计1 625 700 bp，发现SNP位点574 296个，叠连群平均出现1个SNP位点最低频率为9.18%。陆地棉的EST和GSS均有频率较高SNP位点，GSS出现SNP频率高于EST序列，开发SNP引物3 254对。

陆地棉； 叠连群； SNP频率； GenBank

我国现有的陆地棉品种来自47个基础种质，品种间亲缘关系近，分子标记多态性较低。据最新报道[1]，陆地棉高密度连锁图谱共整合2 292个标记位点，覆盖基因组5 115.16 cM，平均2.23 cM有1个标记，该标记数量和密度尚不能满足陆地棉基因组精细定位的需要，高密度精细定位是进一步解析基因功能的基础，棉花重要农艺性状的基因组精细定位需要加大现有图谱密度。新型分子标记SNP(Single Nucleotide Polymorphism)的出现，为进一步加密陆地棉图谱提供可能。SNP是广泛存在于植物基因组中的一类DNA高频序列……