代振江， 梁海英， 曾智勇*， 汤德元， 王伟丞， 刘 钊

(1.贵州大学 动物科学学院， 贵州 贵阳 550025； 2.贵州省动物疫病控制中心， 贵州 贵阳 550025)

猪流行性腹泻病毒的分离及其M基因的生物信息学分析

代振江1， 梁海英1， 曾智勇1*， 汤德元1， 王伟丞2， 刘 钊1

(1.贵州大学 动物科学学院， 贵州 贵阳 550025； 2.贵州省动物疫病控制中心， 贵州 贵阳 550025)

为了解贵州猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的变异情况，对分离PEDV的M基因进行了克隆测序和生物信息学分析。结果表明：分离的PEDV株(用N-GZ表示)与贵州省动物疫病研究室曾报道的PEDV株(用GZ表示)位于同一进化分支，与疫苗株CV777处于不同进化分支。N-GZ株与GZ株M基因的核苷酸序列相似性为98.5%，表明其亲缘关系较近，与CV777疫苗株的亲缘关系稍远。多重比较发现，N-GZ株与CV777株M蛋白的抗原表位区存在3个氨基酸的差异，与GZ株相比存在2个氨基酸的突变。M基因是PEDV的保守基因，但N-GZ株M基因在抗原表位区存在一定程度突变。

PEDV； M蛋白； 变异； 生物信息学分析

猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)引起的一种接触性肠道传染病，主要以引起初生仔猪腹泻、呕吐和脱水为基本特征[1-3]。PEDV是冠状病毒科冠状病毒属的线性单股正链RNA病毒，PEDV全基因组长为27 000～33 000个核苷酸，其中含有6个开放性阅读框(ORF)[4-6]，包括6个基因，分别为复制酶基因(Rep)、纤突蛋白基因(S)、ORF3基因、囊膜蛋白基因(E)、膜蛋白基因(M)和核衣壳蛋白基因(N)[7-10]。其中，PEDV的M基因负责编码PEDV的膜糖蛋白，该蛋白对病毒的装配和成熟起重要作用，同时也是病毒刺激机体产生免疫保护抗体的重要结构……