张洋子

摘要：多聚腺苷酸化是真核生物基因表达的重要步骤。多聚腺苷酸化位点（Poly（A）位点）标识基因末端，准确识别poly（A）位點有利于确定成熟的mRNA。如果一个基因含有多个poly（A）位点，通过不同poly（A）位点的选择可以产生不同性质的mRNA（Alternative Polyadenylation， APA）。全基因组3末端测序技术产生了大量包含poly（A）位点信息的序列，如何从这些序列中快速有效地获取poly（A）位点成为生物学家关注的焦点。本文针对3末端测序数据，通过Perl脚本和生物信息软件的综合利用，设计了poly（A）位点的全基因组提取流程，可有效提取poly（A）位点并对其进行注释，该方法优势是适用于多种物种，适用性广，且运行高效。

关键词：Poly（A）位点；3末端测序技术；提取流程

中图分类号：TP311 文献标识码：A 文章编号：1009-3044（2018）19-0287-01

1 研究背景和现状

多聚腺苷酸化（Polyadenylation）是把一段多聚A尾巴加到mRNA上的机制，多聚腺苷酸化位点（Poly（A）位点）标识基因末端，mRNA分子于它们的5末端进行加帽，3端中断，加上一段多聚A尾巴，加尾过程由多聚腺苷酸聚合酶催化进行，进而形成成熟的mRNA。如果一个基因含有多个poly（A）位点，通过不同poly（A）位点的选择可以产生不同性质的mRNA（Alternative Polyadenylation， APA）。APA通过改变mRNA的3UTR的长度及其性质进而改变位于3末端的许多潜在顺式调控模式，从而达到调控基因表达的目的。

虽然当前已获得许多物种的poly（A）位点信息，但还有多种物种的poly（A）位点信息尚未提取，一方面Poly（A）位点提取的准确性受测序方法和测序深度影响，另一方面poly（A）位点提取过程没有流程化处理，较为烦琐。随着3末端测序方法的不断探索和改进，涌现出很多3末端测序方法，比如WTTS-Seq1， 3READS2，3， A-seq4， PAS-seq5。……