第三代DNA测序及其相关生物信息学技术发展概况
2015-10-21杨悦杜欣军梁彬郭季冬程晓真王硕
食品研究与开发 2015年10期
杨悦,杜欣军,梁彬,郭季冬,程晓真,王硕
(天津科技大学食品营养与安全重点实验室,天津300457)
第三代DNA测序及其相关生物信息学技术发展概况
杨悦,杜欣军,梁彬,郭季冬,程晓真,王硕*
(天津科技大学食品营养与安全重点实验室,天津300457)
本文介绍了第三代DNA测序的技术原理及应用现状,并对相关的生物信息学技术进行了综述。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已广泛应用于食品科学及生命科学研究的各个领域,其代表有Heliscope BioScience公司的SMS技术、Pacific BioSciences公司的SMRT技术等。本文同时归纳总结了基因组学相关的生物信息学发展状况及常用的数据库。
基因组学;第三代DNA测序技术;生物信息学;数据库
1986年美国科学家Thomas Roderick首次提出基因组学的概念,基因组学包括核苷酸测序及序列分析、基因定位、基因功能分析等内容[1]。基因组学始于人类基因组图谱绘制和测序的提出,这一伟大的理想在2004年完成,使基因组学成为生命科学领域中最重要和最基础的研究领域之一[2],如今也广泛于食品科学、环境科学等众多研究领域。
基因组学的迅速发展离不开DNA测序技术与生物数据处理手段-生物信息学。从上世纪六、七十年代开始,由最初的人工DNA测序到现在的第三代测序技术-单分子实时测序技术,DNA测序技术经历了翻天覆地的变化,同时,DNA测序获得的大量数据促进了生物信息学的产生和发展,利用生物信息学的方法分析和处理序列数据对认识和揭示基因组序列中蕴含的信息至关重要。……
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