王小国

摘要 通过ClustalX2.1、Boxshade、DNAman和MEGA6等软件的使用，介绍了生物学软件在核酸序列比对、着色美化、序列分析和植物系统发育树构建中的应用。并结合具体实例，采用邻接法对核基因组中的内转录间隔区序列进行了构树，进化枝的可信度较高，表明该方法适用于相似度较高、亲缘关系较近序列的系统发育树的构建。

关键词 序列比对；邻接法；系统发育树；构建

中图分类号 Q7；TP31 文献标识码 A 文章编号 1007-5739（2015）12-0347-02

Application of Biology Software in the Nucleic Acid Sequence Alignment and Phylogenetic Analysis

WANG Xiao-guo

（Sanmenxia Polytechnic，Sanmenxia Henan 472000）

Abstract This paper introduced the application of biology software in the nucleic acid sequence alignment，beautification，sequence analysis and plant phylogenetic tree construction through the use of software such as ClustalX 2.1，Boxshade，DNAman and MEGA 6.Combined with the specific example，constructed neighbor-joined tree according to internal transcribed spacer of nuclear genome sequences，and the credibility of clade was higher，so the method was suitable for the close genetic relationship sequence in the construction of phylogenetic tree.

Key words sequence alignment；neighbor-joined method；phylogenetic tree；construct

核酸序列比对（Nucleic acid sequence alignment）又称为核酸序列联配，是通过2个或多个核酸序列的比对，显示出其中相似结构区域的过程[1]，是进一步进行相似性、序列间亲缘关系和系统发育分析的基础[2-3]。在系统发育分析中，最常用的可视化表示进化关系的方法就是绘制系统发育进化树（Phylogenetic trees）。系统发育树构建有非加权分组平均法（Unweighted-pair-groop-method with arithmetic means，UPGMA）、邻接法（Neighbor-joined，NJ）、最大简约法（Maximum parsimony，MP）和最大似然法（Maximum likelihood，ML）等多种方法[4]，由于邻接法具有构建的树相对准确、假设少且计算速度快的特点，因而是目前最常用的方法之一。但NJ法所分析序列的遗传距离不能太大，适用于相似度较高、亲缘关系较近的短序列[5]。

核基因组序列中的内转录间隔区（Internal transcribed spacer，ITS）主要编码植物的核糖体RNA，属于中度保守序列，因此可用于较低分类阶元的系统发育研究[6-7]。本文以Ziziphus Mill.的部分ITS序列为对象，介绍了ClustalX2.1[8-9]、Boxshade、DNAman和MEGA6[10]等软件在序列比对、着色美化、序列分析和植物系统发育树构建中的应用。

1 序列获取

从NCBI网站（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）下载Ziziphus Mill.的4条ITS核酸序列，以Fasta格式存储于桌面文档中，命名为four sequences.txt。

2 使用ClustalX进行多序列比对

2.1 打……