侯仲杰，王靖飞，付朝阳，高宏雷，高玉龙，祁小乐，郭莹莹，王笑梅

(中国农业科学院哈尔滨兽医研究所兽医生物技术国家重点实验室，黑龙江哈尔滨150001)

传染性法氏囊病毒(Infectious bursal disease virus，IBDV)分为致病性血清Ⅰ型和非致病性血清Ⅱ型，致病性IBDV主要侵害雏鸡的法氏囊从而导致严重的免疫抑制，给家禽养殖业造成严重损失[1]。IBDV基因组由A和B两个双链RNA片段组成[2-3]，A片段包含两个部分重叠的开放阅读框(ORF)，大ORF编码分子量约为110ku的前体多聚蛋白(NH2-pVP2-VP4-VP3-COOH)[4]，其中 VP2被证明与IBDV毒力密切相关[5-6]，但也有研究表明VP2并非毒力决定的唯一因素，VP3、VP4蛋白对病毒毒力和致病力也有影响[7-9]。

与单纯的多序列比对以及构建进化树等生物信息学技术相比，进化踪迹分析技术对分析数量较多、但功能位点尚不明确的序列具有优势，并被应用于多种病毒的氨基酸特异位点的分析[10-13]。在IBDV毒力变异研究领域尚未有研究者利用该方法进行分析研究。本实验利用进化踪迹分析技术对GenBank中登录的28条IBDV基因组A节段编码的前体蛋白全长序列进行分析，获得与IBDV毒力变异相关的特异性氨基酸及其位点，为研究影响IBDV毒力变异的细胞生物学和分子生物学特征提供参考。

1 材料和方法

1.1 IBDV基因组A节段编码的前体多聚蛋白序列本实验中28条不同毒力IBDV基因组A节段编码的前体多聚蛋白序列均来源于GenBank数据库，所有病毒株均为毒力、来源等生物学背景明确的参考病毒株(表 1)。

1.2 前体多聚蛋白的多序列比对和进化树的构建采用ClustalW 1.83软件进行多序列比对，并将比对结果提交到剑桥大学ET服务器构建遗传踪迹树状图[14]。……