骨肉瘤中circRNA-miRNA-mRNA相关调控网络的构建
2021-12-27王兆强裴露萍
王兆强,裴露萍,李 刚
(山东省滨州市博兴县人民医院,山东博兴县 256500)
环状RNA(circular RNAs,circRNA)是一类长的非编码RNA分子,它们形成共价闭合的环状结构,没有5′-3′极性和polyA尾,不受RNA外切酶影响,表达稳定[1]。近几年研究表明,哺乳动物细胞中存在成千上万种内源性circRNA,它们通过充当miRNA海绵与microRNA(miRNA)相结合,阻断miRNA对下游靶基因的降解作用,从而使靶基因表达水平升高,被称为竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA) 机制[2,3]。越来越多的研究证实,体内circRNA表达丰度的改变可以通过ceRNA机制影响下游靶基因的表达,从而导致细胞生理功能失调,在肿瘤的发生、发展和转移中发挥重要作用[2]。
骨肉瘤(osteosarcoma,OS)是最常见的原发性恶性骨肿瘤,多发于四肢,而很少见于脊柱,在青春期和60岁以上的人群中有2个发病高峰[4,5]。尽管多药化疗和手术切除原发性肿瘤等医学技术已经改善,但由于骨肉瘤早期转移的特征,其生存率仍然很低[6]。因此,寻找有效的用于骨肉瘤早期诊断的分子标志物及优化个体化治疗是临床亟待解决的问题。越来越多的研究表明,由非编码RNA介导的关键信号通路的分子变化对骨肉瘤的发生发展机制(包括细胞生长、侵袭和转移)至关重要[7]。因此,本实验通过GEO数据库筛选出骨肉瘤中差异表达的circRNAs,miRNAs和 mRNAs,再构建 circRNA-miRNA-mRNA调控网络,对其进行功能和通路富集分析,最后筛选出与骨肉瘤患者预后相关的mRNAs。有望为骨肉瘤的早期诊断开发新的标志物以及为骨肉瘤的治疗开发新的治疗靶点。
1 材料与方法
1.1 数据收集
通过GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 下载 GSE140256,GSE28425,GSE36001 和GSE28424数据集中基因表达谱数据。……
