基于生物信息学方法对结直肠癌组织差异表达关键基因的筛选
2021-12-24冯彦超应伟李文菠李雪周国俊洪潇陈科周佳雨田奕洋冷政伟
冯彦超 ,应伟 ,李文菠 ,李雪 ,周国俊 ,洪潇 ,陈科 ,周佳雨 2,,田奕洋 2,,冷政伟
1 川北医学院附属医院肝胆外二科,四川南充637000;2 川北医学院附属医院肿瘤干细胞研究中心;3 川北医学院临床医学院
结直肠癌(CRC)是全世界发病率排名第三的恶性肿瘤,每年导致全世界近90 万人死亡[1]。目前针对CRC 主要采用综合治疗的方法,但是晚期CRC 患者的总体生存率仍然很低。基因突变与失活在CRC 的发生发展过程中具有重要作用,所以针对CRC 的早期诊断及精准治疗可大大提高CRC 患者的生存率,但是目前CRC 的有效治疗靶点很少并且缺少简单的靶点筛选方法。生物信息学方法具有样本量大、成本低、简洁高效等优点,近几年通过生物信息学方法筛选出了很多CRC 发生发展中的关键基因。有研究通过基因表达数据库(GEO)发现,SPINK4表达下调与CRC患者预后不良相关,并认为该基因可作为CRC的一种新型生物标志物[2]。还有研究通过筛选CRC 基因表达数据发现,转录因子ZBTB18 可以促进CRC 细胞的侵袭与迁移,可能参与了 CRC 的转移[3]。2020 年 6 月—2021 年 7 月,本研究分析了CRC 组织和癌旁组织基因芯片中的基因表达情况,筛选出的差异表达基因(DEGs)即为CRC 发生发展中的关键基因,为CRC 的早期诊断及靶向治疗提供参考依据。
1 材料与方法
1.1 基因芯片数据信息 从GEO(https://www.ncbi. nlm. nih. gov/geo)中下载 3 个 CRC 芯片,即GSE71187、GSE31905、GSE35279,3个芯片中分别包括CRC 组织47、55、74 例份,癌旁组织12、7、5 例份。上述芯片均来自同一平台(GPL6480),并使用相同的探针技术以减少不同实验平台之间检测技术所引起的实验误差。
1.2 DEGs 及共表达……
