3个HLA-A新等位基因的序列分析及确认*
2021-12-22尚利侠齐珺武君华陈乐王满妮王小芳房婕王天菊
尚利侠 齐珺 武君华 陈乐 王满妮 王小芳 房婕 王天菊
人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)是目前所知人体最复杂、最具多态性的基因遗传系统,位于第6号染色体短臂,具有高度的遗传多态性,在同种异体组织器官移植及移植物的急性排斥反应中起重要作用。近年来,随着DNA测序技术的快速发展,新的等位基因不断被发现。我们在对2018年中国造血干细胞捐献者资料库陕西分库入库样本进行A/B/C/DRB1/DQB1位点常规检测时,发现3个样本HLA-A位点疑似新等位基因,对这3个样本采用基于ION S5TM平台的下一代测序技术(Next Generation sequencing, NGS)进行鉴定,经向世界卫生组织提交相关信息后,于2019年3月30日被WHO HLA因子命名委员会分别正式命名为HLA-A*02:897、HLAA*02:898、HLA-A*02:899。
材料与方法
1 标本来源 2018年中华骨髓库陕西分库造血干细胞志愿捐献者。先证者一为陕西籍、汉族、女性、32岁;先证者二为陕西籍、汉族、女性、19岁;先证者三为青海籍、蒙古族、女性、20岁。
2 主要试剂和仪器
2.1 主要试剂:北京天根血液基因组DNA提取试剂盒(批号:R7229北京TIANGEN);SeCore®HLASBT分型试剂(批号:006、007、005、005、006美国One Lambda 公司);NXTypeTMNGS测序试剂(批号:LOT 002 美国One Lambda 公司)。
2.2 主要仪器:生物安全柜(型号BC-1000ⅡA,苏州安泰空气技术有限公司);核酸检测仪(型号Gene Quant pro,Biochrom公司);PCR扩增仪(型号SENSO QUEST,圣欧国际有限公司);DNA测序分析仪(型号3730xl,美国ABI公司);ION S5TM测序仪(美国One Lambda 公司)。
3 方法
3.1 标本采集和基因组DNA的提取:采集志愿捐献者外周静脉血5 mL(EDTA抗凝),采用北京天根血液基因组DNA提取试剂盒,严格按照试剂盒操作说明提取DNA,应用Gene Quant核酸蛋白检测仪测定浓度和纯度。
3.2 PCR-SBT(Sanger测序):严格按照SeCore®HLA-SBT分型试剂盒说明书对提取的DNA进行测序分析。……
