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基于生物信息学的银屑病基因集富集及免疫细胞浸润分析

2021-11-23方如男李建红

海南医学院学报 2021年21期
关键词:分析研究

周 扬,韩 露,方如男,赵 艳,郭 杨,翟 烨,李 萍,李建红

(1.北京中医药大学,北京 100029;2.北京中医药大学东直门医院,北京 100700;3.北京中医医院,北京 100010)

银屑病(Psoriasis)是一种遗传与环境共同作用的免疫介导的慢性、复发性、炎症性、系统性疾病,发病机制目前尚不完全清楚[1]。银屑病易于复发、影响美观、可伴发代谢综合征等系统性疾病,严重影响了患者的生活质量。对银屑病有效治疗靶点的探索一直是皮肤科领域研究的热点和重点。

近年来,生物信息学越来越多的应用于包括银屑病在内的自身免疫相关的疾病的发病机制研究。有研究者对筛选出的银屑病差异基因进行了基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of genes and Genomes,KEGG)富集研究,然而这种方法可能会遗漏某些差异不显著但功能重要的基因[2]。目前对于免疫细胞的研究也局限于T 淋巴细胞、肥大细胞等几个种类,尚需全面系统的揭示参与银屑病发病的多种免疫细胞的浸润和作用机制。

本研究应用基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)进行全基因组表达分析,根据基因表达与类别之间的相关性对基因进行排名,筛选出在银屑病中上调的基因集和通路[3]。同时,利用CIBERSOFT 反卷积算法进行22 种免疫细胞浸润分析,分析银屑病中各类免疫细胞之间的相互作用,以期更深入的研究银屑病的发病机制,为临床治疗提供新靶点。

1 材料与方法

1.1 基因芯片数据

从基因表达数据库(Gene expression omnibus,GEO,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)下载编号为GSE6710,平 台 为GPL96[(HG-U133A)Affymetrix Human Genome U133A Array]的芯片数据集和注释文件。该研究包含26 个样品,来自于13 位寻常型银屑病患者的皮损和非皮损活检样本。……

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