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生防菌株HG18基因组信息分析与抗菌功能基因挖掘

2021-11-19张淑梅闫更轩胡基华夏海华吴皓琼

微生物学杂志 2021年5期
关键词:功能

姜 威, 张淑梅, 闫更轩, 田 缘, 胡基华, 潘 钰, 夏海华, 吴皓琼, 于 冲*

(1.黑龙江省科学院 微生物研究所, 黑龙江 哈尔滨 150010;2.黑龙江省科学院 高技术研究院, 黑龙江 哈尔滨 150020)

长期施用化肥农药所导致的环境污染是我国绿色农业发展面临的挑战和急需解决的重要问题,研发新型微生物农药,是实现化肥农药双减、土壤修复、生态和食品安全以及农业可持续性发展的一个重要途径[1]。目前,活体微生物农药存在见效慢、应用效果不稳定和菌株退化等瓶颈问题,微生物代谢产物-抗生素农药存在抗药性问题[2]。因此,寻找新资源和新结构微生物代谢产物是微生物农药研发新方向。芽胞杆菌能够产生小肽、蛋白、脂肽、细菌素、酚类及多烯类等多种抗菌物质[3-4],是微生物代谢产物农药研发的重要资源菌,充分挖掘抗菌物质基因可以为植物抗病育种和菌株定向遗传改造提供基因资源。挖掘功能基因常规方法是由物质到基因,即先对功能物质进行分离纯化、鉴定,再克隆全基因进行测序。组学技术的发展为寻找活性代谢产物基因提供了新方法。吕伟强等[5]通过对银杏叶内生菌KW-1-2的全基因组序列ORFs信号肽和分泌蛋白组合法预测分析,发现271个具有典型信号肽的分泌蛋白;杨晓玫等[6]通过对B.mycoidesGnyt1进行全基因组测序,挖掘到促生功能相关的基因——铁载体分泌相关功能基因;戚家明等[7]通过对生防菌株PF-1基因组测序,发现15种具有抗菌活性次级代谢产物基因簇;廖开吉等[8]利用amtiSMASH对菌株FP1761次生代谢基因簇进行预测,发现两个与嗜铁素pyoverdine合成相关的基因簇。……

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