胃癌进展相关胃菌群的特征分析
2021-11-02孙伟丽刘居新王莉莉张秋月徐晓娜董全江
孙伟丽,刘居新,王莉莉,张秋月,王 鹏,徐晓娜,董全江,
1.大连医科大学附属青岛市市立医院中心实验室,山东 青岛 266071;2.青岛大学医学院附属青岛市市立医院检验科;3.青岛大学医学院附属青岛市市立医院中心实验室
我国最新癌症统计显示,我国胃癌新确诊病例67.9万例,与胃癌相关的死亡人数49.8万例,胃癌是仅次于肺癌、结肠癌的第三大常见癌症[1]。人体胃肠道微生态是最复杂的微生态系统之一,微生态的平衡与人类健康息息相关。胃内菌群主要由变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)构成[2]。从慢性胃炎、肠化生到胃癌发生过程中,胃菌群发生持续变化,如生物多样性、细菌成员的富集和减少等的改变[3]。台湾的一项研究发现,C.colicanis和F.nucleatum在胃癌患者中富集,并对胃癌诊断方面表现出了68.8%的灵敏性和100%的特异性[4],C.colicanis和F.nucleatum在结肠癌患者中也出现明显富集[5],表明细菌可以作为癌症诊断的标准。但关于癌症进展尤其是胃癌进展相关菌群特征目前尚缺乏相关研究。
随机森林(random forest,RF)模型作为一种优化的机器学习模型,越来越多地应用于生物标志物的选择。有研究已利用RF模型成功地筛选了结直肠癌、肝癌、胰腺癌等菌群标志物[6-8]。然而应用在胃癌菌群进展相关标志物研究未见报道,因此本研究通过分析晚期胃癌(advanced gastric cancer,AGC)和早期胃癌(early gastric cancer,EGC)胃菌群的结构、组成特征差异,并利用RF模型筛选胃癌进展相关的特征性细菌,从菌群角度为协助临床判断胃癌进程,探索胃癌进展相关的分子机制研究提供新的理论依据和新路径。……
