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基于生物信息学对NK 细胞抑制肝细胞癌发生发展潜在关键基因的筛选和鉴定

2021-10-20赵文迪田健周建炜

山东医药 2021年28期
关键词:关键小鼠

赵文迪,田健,周建炜

河南大学人民医院肿瘤内科 河南省人民医院肿瘤中心,郑州 450003

肝细胞癌(HCC)是全球第六大恶性肿瘤。在中国,HCC 是继肺癌之后男性癌症病死率第二高的恶性肿瘤,并且近几十年来全世界的HCC 发病率不断上升[1-2]。尽管目前可用于HCC 的治疗如根治性切除、射频消融、经动脉化疗栓塞、放射栓塞、肝移植以及索拉菲尼和其他酪氨酸激酶抑制剂靶向治疗等[3]已取得了较大的进步。但HCC 患者仍存在预后不良、复发率高等问题。导致这种情况最主要原因可能是人们对于HCC 的病理分子机制尚未全面掌握,并且缺乏特异性的生物标记物作为HCC 诊断和治疗的分子靶点。自然杀伤(NK)细胞作为机体重要的天然免疫细胞,能够识别靶细胞、杀伤介质,通过分泌细胞毒性物质和合成多种细胞因子来清除病毒[4-5]。NK 细胞在预防和治疗人类肿瘤的过程中起着不可替代的作用[6]。本研究通过生物信息学和高通量测序技术,将相关数据进行分析,并预测敏感且可靠的分子标志物,这将有助于进一步了解NK 细胞抑制HCC 发生发展的分子机制,为制定更高效的HCC诊断和治疗策略提供新的思路。

1 材料与方法

1.1 数据收集 从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共数据平台基因表达组学数据库(GEO)(GPL6480Agilent-014850 平台)下载基因表达数据 集GSE120123(GSM3393936、GSM3393937、GSM3393940、GSM3393941)。根据平台中的注释信息将探针转换为相应的基因符号,随后从GSE120123数据集中选取4个关于NK 细胞的样本,其中2个样本来自正常肝组织(GSM3393940、GSM3393941),2个来自HCC组织(GSM3393936、GSM3393937)。

1.2 差异表达基因(DEGs)识别 利用GEO2R(http://www. ncbi. nlm. nih. gov/geo/geo2r/)分 析GSE120123 中HCC 和正常肝组织之间的DEGs。……

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