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糖脂转运蛋白家族新成员人类GLTPD2的生物信息学分析

2021-10-18黄晓妍黎嘉琳冀慎英张湘豫邹先琼

生物信息学 2021年3期
关键词:人类分析

黄晓妍,黎嘉琳,冀慎英,2,张湘豫,2,郭 勇,邹先琼,3*

(1.桂林医学院 生物技术学院, 桂林541100; 2.桂林医学院 基础医学院, 桂林541100; 3.桂林医学院 附属口腔医院, 桂林 541004)

人类糖脂转运蛋白(Glycolipid transfer protein, GLTP)是一种能调节细胞内膜系统间鞘糖脂膜间运输的可溶性蛋白[1-2]。与其它脂类转运蛋白不同,人类GLTP蛋白的空间结构是由α-螺旋构成的独特的两层“三明治”状,这种“三明治”状结构被认为是真核生物GLTP蛋白家族的结构基础及原型蛋白[3]。GLTP蛋白家族的重要成员包括人类四磷酸适配器蛋白2 (FAPP2)、人类1-磷酸神经酰胺转运蛋白(Ceramide-1-phosphate transfer protein, CPTP, 即GLTPD1)、拟南芥促细胞死亡蛋白11(ACD11)等[1,3]。

GLTP蛋白过表达能上调细胞周期蛋白依赖性激酶抑制因子1A(p21)及1B(p27),下调细胞周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)及4(CDK4)、细胞周期蛋白E及D1,从而阻滞细胞周期于G1/S检查点,诱导细胞程序性坏死从而抑制人类结直肠癌HT-29细胞的生长[2]。尽管GLTP蛋白家族其它成员的结构、功能的研究已有很多报道[1-2,4-7],但是,近年内发现的GLTP蛋白家族的一个新成员人类GLTPD2,其功能尚不清楚。

本研究的目的在于通过在线生物信息学分析工具,对人类GLTPD2蛋白进行鉴定,并对其理化性质、结构域、表达特征、结构比较及潜在功能进行分析,为进一步深入研究人类GLTPD2蛋白的生物学功能及其在疾病发生发展中的作用奠定理论基础和实验依据。

1 材料与方法

1.1 序列的获得

利用美国国家生物技术信息中心NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)检索人类GLTPD2,获得其核酸序列号为NM_001014985.3,蛋白序列号为NP_001014985.3,并作进一步的分析。

1.2 人类GLTPD2的结构及其蛋白的理化性质

通过UCSC Genome Browser (http://www.genome.ucsc.edu/)分析……

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