朱宏，沈瀚，曹小利，刘畅

(南京大学附属鼓楼医院检验科，南京210008)

随着碳青霉烯类药物的使用，碳青霉烯耐药肠杆科细菌(carbapenem resistant Enterobacteriaceae, CRE)不断出现和播散，导致发病率和死亡率增高，是全球面临的严峻公共卫生问题[1]。流行病学研究表明，碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem resistantKlebsiellapneumoniae,CRKP)约占CRE的60%[2]。已知碳青霉烯水解酶KPC的产生是肺炎克雷伯菌对碳青霉烯耐药的主要机制[3]。在欧美国家，ST258是CRKP常见的流行克隆[4];在亚太地区，ST11是CRKP常见的流行克隆[3]。本研究旨在分析全球产KPC肺炎克雷伯菌的序列分型，并分析主要流行克隆与KPC-2、KPC-3间的关系。

1 材料和方法

1.1菌株 使用Aspera软件从NCBI中下载2018年12月31日前提交释放的肺炎克雷伯菌基因组，剔除重复提交、没有注释的菌株，共计5 494菌株。

1.2KPC基因的分布 采用本地blastp工具进行比对分析：用5 494个基因组的所有蛋白质编码核苷酸序列比对NCBI上提供的40个KPC的核苷酸序列[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/isolates#/refgene/gene_family:(blaKPC)]，以蛋白质相似度>80%为阈值，分析KPC在5 494株肺炎克雷伯菌中的分布。

1.3多位点序列分型 (multilocus sequencing typing，MLST) 通过下载7个管家基因gapA、infB、mdh、pgi、phoE、rpoB和tonB的基因序列，构建多位点序列分析(multi locus sequence analysis，MLSA)数据库。利用本地BLASTN技术，将产KPC菌株基因组中所有编码蛋白质的核苷酸序列与MLSA数据库进行比对，以确定菌株的序列分型(sequence types, STs)。然后通过比较MLSA曲线来确认每个菌株的ST。

1.4统计学分析 用SPSS软件(20.0版本)进行。用皮尔逊卡方检验分析KPC-2、KPC-3在不同ST克隆间的流行率差异。以P<0.05为差异有统计学意义。

2 结果

2.1碳青霉烯耐药基因KPC的分布 5 494株肺炎克雷伯菌中，1 943株(35.4%)细菌携带14个KPC变异体。其中，以KPC-2(959/1 943，49.4%)和KPC-3(952/1 943,49.0%)为主，其余KPC-4、KPC-16、KPC-31、KPC-12、KPC-32、KPC-4、KPC-6、KPC-7、KPC-8、KPC-27、KPC-33和KPC-34占比均低于0.4%。

2.2携带KPC基因肺炎克雷伯菌株……