高通量生物信息学分析对经皮冠状动脉介入术后支架内再狭窄过程核心发病基因以及通路的预测①
2021-09-25王维铁
蔡 睿 王维铁
(吉林大学临床医学院,长春130021)
2017年中国疾病负担研究报告显示缺血性心脏病是我国排名第二位的导致人群寿命损失的疾病,死亡率大约为123.9/10万,占总死亡人数的16.7%[1]。目前经皮冠状动脉介入(percutaneous coronary intervention,PCI)是治疗缺血性心脏病的一种主要手段,但是PCI术后支架内再狭窄(instent restenosis,ISR)成为了影响远期生存率的一种主要并发症[2]。有研究指出,新生内膜增生是ISR发生的主要病理改变[3],但针对支架内新生内膜增生治疗并未达到预期的效果[4]。因此ISR分子发病机制及基因靶向治疗需要继续探索。本研究通过基因测序及高通量生物信息学分析的方法对PCI术后ISR的机制进行研究,以期寻找到ISR发病的核心基因及分子通路,为后续的血清学诊疗标志物及药物治疗靶点提供理论依据。
1 材料与方法
1.1 基因测序对象与分组 GEO数据库搜索与PCI术后ISR相关的基因测序结果,选取GSE46560为研究对象(11例印度人样本)。其中6例PCI术后ISR患者作为研究组,5例PCI术后支架内未狭窄的患者作为对照组。其中研究组男性5例,女性1例,平均年龄为(60.33±16.10)岁。对照组男性4例,女性1例,平均年龄为(60.40±10.53)岁。Trizol法提取全部患者空腹外周血RNA,然后检测RNA的质量和纯度,其中纯度的检测标准为1.8≤260/280≤2.1。将符合标准的RNA进行基因测序,测序结果详见GEO数 据 库(GSE46560,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE46560)。
1.2 高通量生物信息分析方法 对基因测序的原始数据采用R语言及limma数据包进行均一化校准,删除差异表达量过大或者过小的基因。其后应用GEO2R计算模块筛选差异基因。对筛选的差异基因应用GraphPad Prism 7绘制火山图进行可视化处理,其后应用基因热图在TBtools软件进行聚类分析。……
