基于分子对接技术筛选抗SARS-CoV-2海洋活性肽的研究
2021-09-17刘瑛楠朱文慧李学鹏仪淑敏徐永霞励建荣
步 营,刘瑛楠,何 玮,朱文慧,李学鹏,仪淑敏,徐永霞,励建荣
(渤海大学 食品科学与工程学院,辽宁锦州 121013)
0 引言
2019年12月,新型冠状病毒肺炎席卷全球。SARS-CoV-2作为一种新型病毒,突兀地登上了国际热点的舞台,威胁人民的生命安全,影响人民的正常生活。因此现阶段对于它的研究也在如火如荼的进行,例如对其的治疗、疫苗的研发、保健食品的生产等。
研究发现,SARS-CoV-2与SARS-CoV同属β型冠状病毒类,虽然现阶段SARS-CoV-2晶体结构不明,但其S蛋白RBD结构域的某些基因区域与SARS-CoV具有高度的同源性,它们的功能性受体皆为血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)[1],致病机理相同,皆为病毒的S蛋白与宿主细胞上的ACE2受体结合,从而致使病毒入侵宿主[2]。由此,可以选择与其同源性较高的SARS病毒的S蛋白和ACE2(即SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白)作为代替的研究对象[3-5],进行新冠病毒抑制机理的研究。另一方面,由于2019-nCoV Mpro水解酶关系着SARSCoV-2前体蛋白的成熟,阻断其水解酶活性表达就可抑制病毒在宿主体内的复制过程。上海科技大学饶子和/杨海涛团队公开了2019-nCoV Mpro水解酶的高分辨率晶体结构,可以使其作为对SARS-CoV-2有抑制作用的另一研究对象,通过筛选抑制剂,有效遏制SARS-CoV-2在宿主体内的复制,阻断其增殖过程。
我国海洋资源丰富,蓝鳍金枪鱼属于大洋性中上层高度洄游鱼类,是金枪鱼类中经济价值最高的种类,而经酶解处理的蛋白质水解产物具有多种生物活性功能[6]。经数据库查询,蓝鳍金枪鱼的肌球蛋白序列已知。鉴于此,本文采用计算机酶解和分子对接的方法,对蓝鳍金枪鱼的肌球蛋白进行模拟酶解,进而筛选对新冠病毒有抑制作用的活性肽,为进一步应用于保健食品提供思路。……
