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肝癌代谢重编程相关基因富集分析及ATP柠檬酸裂解酶表达的临床意义

2021-09-07周青青李军建郑亦胡余正平朱千东

肝胆胰外科杂志 2021年8期
关键词:差异分析研究

周青青,李军建,郑亦胡,余正平,朱千东

(温州医科大学附属第一医院,浙江 温州 325000,1.手术室,2.肝胆胰外科)

我国是肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC,简称肝癌)的高发国家。在HCC病程中,抑癌基因失活、原癌基因激活及基因突变效应积累等都对HCC发生、发展具有显著诱发和促进作用。最新研究表明,调控肿瘤形成与进展的一个关键因素是肿瘤细胞代谢重编程(metabolic reprogramming)[1],该过程重新界定了肿瘤细胞代谢网络内营养物质的通量与流向,用以满足肿瘤细胞物质代谢和能量代谢,保证肿瘤细胞的存活与增殖,在不利条件下保持生存优势[2]。这些代谢改变为细胞提供核酸、蛋白质等大分子合成所需要的中间代谢物,对于肿瘤的发生和进展至关重要。因此,系统性地研究代谢重编程相关基因表达在HCC预后和治疗中的靶标作用意义重大。在本研究中,我们首先分析了来源于TCGA(The Cancer Genome Atlas)的公共大样本数据,通过富集分析筛选获得参与HCC肿瘤进展的代谢重编程相关基因;其次,在候选基因中ATP柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)作为肿瘤细胞脂质代谢通路上游的关键酶,在许多肿瘤的发生和进展中具有重要作用,因此我们在HCC临床标本中检测ACLY表达水平,并纳入GEO(gene expression omnibus)的大样本表达数据和临床数据进一步研究,明确ACLY表达在HCC生存预后中的作用。

1 材料和方法

1.1 材料

1.1.1 TCGA数据:下载数据库中所有374例HCC测序数据(截止2019年9月),将其中50对HCC与癌旁配对样本纳入差异表达分析。标本以编号区分肿瘤组织或癌旁组织,基因表达数据为level 3级别。该测序数据完成于Illumina HiSeq 2000测序平台。……

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