元小冬，张萍淑，刘妍，李妍，耿贺梅，王贺永，张淑清，刘青

肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae，KP）是神经重症医学科（Neurological Intensive Care Unit，NICU）患者感染的主要病原菌，多见于呼吸道、泌尿道、血液感染［1-2］。近年耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）逐渐增多，全球耐药率达20%～70%，其耐药基因可由质粒介导，通过转化、接合、转导等形式传递，进而形成多重耐药菌［3］，目前关于KP的毒力基因特征已成为临床的研究热点。全基因组测序技术（whole genome sequencing，WGS）能够直接反映基因组DNA的遗传信息，对确定耐药基因型、预测细菌耐药表型的特异度、灵敏度较高，能够较全面地了解病原菌来源、感染、耐药、传播等机制［3］，为本课题组对细菌基因组中携带毒力基因与其临床致病机制的关系研究提供了有力的技术支撑。本课题组在NICU感染患者中筛选出具有特定同源关系的非多重耐药KP进行全基因组测序，并应用多种生物信息学软件在全基因组测序中筛选出其携带的毒力基因，进而分析其分布和传播特征，以期为KP感染的防控提供依据。

1 资料与方法

1.1 样本来源 收集2015—2018年开滦总医院收治的93例NICU感染患者的非多重耐药KP 94株。所有KP应用K-B法进行抗菌药物敏感试验及脉冲场凝胶电泳法（PFGE）进行同源性分析，将相似度为100%视为同一克隆株，相似度≥80%视为同一流行克隆系［4］。选出其中的无同源性KP 3株，即2015年、2016年、2017年各1株，分别编号为P20、P39、P66；2018年，选出与P66为同一流行克隆系的KP 2株，分别编号为P90、P91，且P90与P91为同一克隆株。

1.2 WGS 将5株非多重耐药KP进行二代、三代全基因组测序，将所得的基因组测序结果……