卵巢子宫内膜异位症病灶组织黏附相关基因与通路分析
2021-08-31倪喆鑫毕艳丽孙帅程雯俞超芹
倪喆鑫 毕艳丽 孙帅 程雯 俞超芹
子宫内膜异位症是一种雌激素依赖性疾病,其特征是子宫内膜基质细胞与腺细胞在子宫被覆粘膜及子宫肌层以外部位种植生长,影响着10~15%的育龄妇女[1]。患者遭受着不同程度的影响,如痛经、月经紊乱、不孕等,也会造成不良妊娠结局的发生[2-3]。卵巢子宫内膜异位症由于内膜组织在卵巢部位种植生长导致,通常以囊肿形式存在并对卵巢功能存在不利影响[4]。虽然该病的病理诊断已经明确,但发病机制仍存在争议,可能与遗传、表观遗传、环境因素和免疫功能紊乱等多种因素有关[5]。
在该病众多发病机制学说中,经血逆流学说最为广泛接受。随着月经血逆流,内膜组织碎片会沿着子宫-输卵管-腹腔方向前进,在特定部位特定条件下种植生长[6]。在这一过程中,组织细胞间的黏附作用极为重要。为此,本研究拟从Gene Expression Omnibus数据库(GEO)中挖掘卵巢内异症病灶组织差异表达基因,聚焦黏附相关差异基因,从基因差异角度出发,探讨经血逆流学说中内膜组织黏附种植的可行性与现实性。
资料与方法
1.基因芯片的选取以及差异基因的筛选:研究利用美国国立生物技术信息中心(National Biotechnology Information Center, NCBI)的Gene Expression Omnibus (GEO)数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)进行基因数据的搜索与筛选。选择检索式为((ovary endometriosis) OR (ovarian endometriosis)) AND "Homo sapiens"[porgn:__txid9606],搜索限定条件为Expression profiling by array,tissue。搜索时间为2019年10月8日。利用GEO的R语言分析工具GEO2R进行分析,利用变化倍数(fold changes,FC)判定基因差异大小,取logFC绝对值>2,多次试验调整后的P(adj.P)<0.05的基因,得到两组相关差异基因与数据。利用value distribution软件计算所选样本的值数据分布,以显示值数据是否在样本中居中,从而适合交叉比较。
2.差异基因生物学功能及KEGG通路分析:将得到的差异基因去重……
