张捷，畅晓晖，柳明，李小林，万晓楠，槐硕，赵琢*

（1.中国海关科学技术研究中心，北京100026;2.出入境食品安全检测北京市重点实验室，北京100026；3.天津海关工业产品安全技术中心，天津300308）

根据世界卫生组织的估计，全球每年大约有10亿人发生食源性疾病，其中由食源性致病菌引起的食品安全事件，造成全球每年约349亿美元的经济损失。沙门氏菌病是欧盟继弯曲杆菌病之后第二种常见的食源性疾病，是食源性疾病暴发的重要原因[1-2]。

传统的沙门氏菌检测分型，多采用血清学分型，而定量检测无法准确分析其主要基因型及变化情况，难以满足实际的预防检测要求。全基因组测序（whole genome sequencing，WGS）是一种新兴的分子流行病学工具[3-4]。最近的研究表明，致病菌分型可以使用WGS积累的大量DNA序列数据区分非常密切相关的分离株，远远超过脉冲场凝胶电泳（pulsed field gel electrophoresis，PFGE）和多位点可变数目串联重复序列分型（multiple locus variable-number tandem repeat analysis，MLVA）[3]。 此外，WGS可以识别分离株组之间特定分子的差异，从而可以鉴定系统发育树上的特征，以显示菌群之间的进化关系。本研究采用快速的全基因组测序分型和多位点序列测定分型（multilocus sequence typing，MLST）方法。该方法可直接进行沙门氏菌主要基因型的检测，缩短了沙门氏菌基因型的排查时间。经过软件分析可对其亲缘关系进行分析鉴定，是一种适用性较强的检测方法。本研究对前期分离鉴定的36株沙门氏菌进行全基因组测序、MLST分型及毒力基因筛查，比较不同来源沙门氏菌的基因型及毒力基因分布情况，从而为食源性致病菌沙门氏菌的风险识别和溯源提供基础数据。……