肿瘤免疫调控新靶点YT H D F1蛋白分子结构及生物学功能分析
2021-07-20王晰文朝朝魏艳王海龙郭睿赵虹张栋弓韬于保锋
王晰,文朝朝,魏艳,王海龙,郭睿,赵虹,张栋,弓韬,于保锋
山西医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室,山西太原030000
N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m6A)甲基化是mRNA最常见的内部修饰,有研究表明,m6A修饰异常参与肿瘤的发生发展[1]。YTH N6-甲基腺苷(m6A)RNA结合蛋白1[YTHN6-methyladenosine(m6A)RNA binding protein 1,YTHDF1]是一种可与转录后经m6A修饰的RNA结合,从而提高mRNA翻译效率的蛋白质[2]。有研究发现,通过抑制YTHDF1的表达可显著抑制结直肠癌细胞的体外致瘤性和小鼠异种移植瘤的体内生长[3]。另外,HAN等[4]发现,YTHDF1蛋白缺失可减缓小鼠肿瘤的生长,这种抗癌机制是通过增强T细胞对肿瘤抗原提呈和CD8+T细胞反应来实现的。有研究显示,YTHDF1蛋白缺失导致树突细胞(dendritic cell,DC)中m6A无法被识别,使溶酶体组织蛋白酶合成减少,肿瘤抗原分解减少,肿瘤抗原呈递增加,从而抑制肿瘤发生。因此,本研究对YTHDF1的理化性质、结构等方面进行分析,旨在为以YTHDF1作为靶点的肿瘤治疗提供新的思路。
1 材料与方法
1.1 YTH D F1蛋白序列获取及其理化性质分析 通过美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的蛋白质数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)/搜索获得人YTHDF1蛋白氨基酸序列。应用ExPASy的ProtParam工具(https://web.expasy.org/protparam/)分析YTHDF1的相对分子质量、等电点、氨基酸组成、分子式及酸碱性。
1.2 YTH D F1的亲疏水性分析 应用ExPASy的Protscale工具(https://web.expasy.org/protscale/)分析YTHDF1的亲疏水性。
1.3 YTH D F1的信号肽及跨膜区域预测 应用SignalP 4.0 Serve(rhttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.0/)软件分析YTHDF1蛋白是否含有信号肽。应用TMHMM Server v.2.0(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)软件对YTHDF1的跨膜区域进行预测。
1.4 YTH D F1组织表达特异性分析 应用NCBI的UniGene库检索YTHDF1,应用EST了解人YTHDF1在组织中的表达情况,以TPM(Transcripts Per Million)值进行评价。
1.5 YTH D F1的亚细胞定位分析 应用PSORTⅡ(https://psort.hgc.jp/form2.html)对YTHDF1的亚细胞定位进行分析。……
