食管癌免疫浸润特点及其与生存预后的关系
——基于TCGA数据库分析
2021-07-19俞仪萱杨涛张静怡鲁星妤董慧静胡紫馨崔慧娟
俞仪萱 杨涛 张静怡 鲁星妤 董慧静 胡紫馨 崔慧娟
食管癌是一种以进行性吞咽困难为主要表现的消化道恶性肿瘤。我国食管癌的死亡率位居恶性肿瘤的第六位[1],5年生存率仅20%[2]。近年来,食管癌免疫治疗技术不断进展[3]。基于KEYNOTE-590的研究结果[4],美国国立综合癌症网络(national comprehensive cancer network,NCCN)恶性肿瘤临床实践指南推荐将帕博利珠单抗(pembrolizumab)作为程序性死亡蛋白配体 1(programmed death protein-ligand 1,PD-L1)高表达或错配修复缺陷、微卫星高度不稳定食管癌患者的二线标准治疗方案。然而,仅有小部分食管癌患者能从免疫治疗中取得良好效果,筛选潜在获益人群的相关生物标志物仍亟待探索。肿瘤免疫浸润特点是指肿瘤微环境中各类浸润性免疫细胞聚集分布的特征。研究证实,免疫浸润特点是影响食管癌免疫治疗临床获益的关键因素[5-6],同时,浸润性免疫细胞可用于评估预后[7]或作为候选的治疗靶点[8]。本研究采集癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库中食管癌组织的基因转录本与患者的临床特征,采用CIBERSORT算法[9],对食管癌组织中22种浸润性免疫细胞的构成比进行测算,分析它们与预后的相关性,并构建生存预后模型,揭示食管癌的免疫微环境,为免疫治疗相关生物标志物的研究提供参考。
1 材料和方法
1.1 数据获取 食管癌患者食管癌组织的基因转录本及临床特征均从TCGA数据库(https://cancergenome.nih.gov/)获取,包含160例食管癌组织样本和11例正常食管组织样本。患者的临床特征包括性别、生存状态、生存时间、肿瘤分期、TNM分期等,共183例。并在R软件中使用limma包对转录本特征进行校正。……
