肿瘤微环境在胰腺癌中的预后分析

2021-07-16戴云蕊洪坤巧陈军

现代消化及介入诊疗 2021年5期

戴云蕊，洪坤巧，陈军

肿瘤微环境(tumor microenvironment，TME)是肿瘤所处的细胞环境。它由免疫细胞、间充质细胞、内皮细胞以及炎症介质和细胞外基质(extracellular matrix，ECM)组成。在TME中，免疫细胞和基质细胞是非肿瘤成分的两种主要类型，并被认为对肿瘤的诊断和预后评估具有重要意义[1]。

胰腺癌(pancreatic adenocarcinom，PAAD)是常见的消化系统恶性肿瘤之一，起病隐匿，进展迅速，预后极差，其5年总生存率仅为8%[2-3]。据统计，2018年全球PAAD新发病例数超过45万，其中死亡病例超过43万[4]。PAAD的特征是癌细胞周围发生剧烈的间质增生反应。此外，由于复杂的TME和高组织液压力，PAAD大多对放化疗耐受，这给治疗带来了重大的挑战[5]。TME中各种成分与肿瘤细胞之间的相互作用抑制了机体逃避免疫细胞凋亡的免疫反应，导致肿瘤的发生、转移和免疫逃逸。因此，肿瘤微环境是决定胰腺癌预后的重要因素之一。但是，肿瘤微环境如何控制胰腺癌的发生、进展及预后的机制尚不十分清楚。本文旨在分析PAAD微环境中具有预后价值的基因，以期为进一步研究提供新的方向。

1 资料与方法

1.1 数据库

自癌症基因组图谱(TCGA)(http://portal.gdc.cancer.gov/projects)下载PAAD患者的基因表达谱和临床资料，采用log2(x+1)转换，并在UCSC(https://xenabrowser.net/datapages/)将其处理到Xena存储库。通过将ESTIMATE算法(https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/estimate/)应用于下载的数据库来计算免疫评分和基质评分。

1.2 差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)分析

使用limma包对每个芯片数据集进行差异分析，选择阈值为|log2FC|>1且FDR<0.05。

1.3 DEGs富集分析

采用DAVID数据库(https://david-d.ncifcrf.gov/summary.jsp)进行DEG功能富集分析，以确定基因肿瘤学(gene oncology，GO)特征，包括生物学过程(biological processes，BP)、分子功能(molecular functions，MF)和细胞成分(cellular components，CC)。FDR<0.05。